В 1582 г. по поручению папы Римского Григория XIII в Каир были направлены иезуиты для переговоров с коптским патриархом Иоанном XIV (1571–1585 гг.), который в феврале 1584 г. в ходе богословских собеседований представил католическим миссионерам монофизитское исповедание веры. После смерти патриарха мусульманские власти выслали иезуитов из Египта, но контакты с коптскими христианами продолжала поддерживать египетская миссия капуцинов. В марте 1592 г. папа Римский Климент VIII возобновил переговоры с коптским Александрийским патриархом Гавриилом VIII (1587–1603 гг.) и призвал его прислать в Рим представителей Коптской церкви для обсуждения возможности заключения унии с католической церковью. В июне 1594 г. послы коптского патриарха прибыли в Рим, где подписали декларацию о признании примата Римского папы и 15 января 1595 г. торжественно произнесли католическое исповедание веры. В январе 1597 г. патриарх Гавриил VIII направил в Рим новую делегацию, которая 25 июня того же года в папском Квиринальском дворце подтвердила от имени патриарха декларацию об унии церквей. Однако вплоть до смерти патриарха Гавриила VIII декларация не была обнародована в Египте из-за противодействия в Коптской церкви противников унии. После смерти патриарха униональная политика по отношению к коптским христианам носила характер прозелитизма и была направлена на присоединение отдельных коптских христиан к католической церкви. Для подготовки коптских католических клириков в 1602 г. папа Климент VIII учредил в Риме папскую Коптскую коллегию, переданную под управление Ордену францисканцев; в коллегии будущих миссионеров обучали арабскому языку, основам ислама, восточной культуре. Несмотря на развитие католических миссий в Египте в XVII в. (в 1630 г. в Каире была основана миссия Ордена капуцинов, а в 1687 г. из францисканской кустодии Святой земли была выделена апостольская префектура Египет), число перешедших в католическую веру коптских христиан оставалось незначительным (несколько коптских семей в Каире и несколько десятков в Верхнем Египте). В 1701–1705 гг. новые переговоры об унии с коптским Александрийским патриархом Иоанном XVI были проведены по поручению папы Римского Климента XI монахами Маронитской католической церкви Ибрагимом Ханной и Габриелем Евой, но и эти переговоры также оказались безрезультатными. В 1715 г. папа Климент XI направил в Египет и Сирию Иосифа Симона Ассемани с целью собрать рукописи восточных христиан, в том числе коптов. В 1719 г. из комиссии Конгрегации пропаганды веры была выделена Конгрегация по проверке книг Восточных церквей, в рамках которой осуществлялась подготовка к изданию коптских богослужебных книг. С 1723 г. в Урбанианской коллегии Конгрегации пропаганды веры в Риме проводилось обучение клириков из числа коптов-католиков.