Наиболее резко отзывался о переложениях Н.И. Компанейского священник Василий Михайлович Металлов, приверженец «строгого стиля» в церковных гармонизациях. Однако и С.В. Смоленский, отдавая должное Н.И. Компанейскому как писателю и человеку, критически отзывался о его музыкальных произведениях. Из обработок Н.И. Компанейского Синодальный хор включил в свои концертные программы только софрониевскую херувимскую, однако в Санкт-Петербурге они достаточно широко исполнялись, в том числе Митрополичьим хором под управлением Ивана Яковлевича Тёрнова, и имели определённый успех. По мнению исследователей, обработки Н.И. Компанейского носят экспериментальный характер и менее связаны с традициями церковного клироса, чем произведения московской школы. Исследователи отмечают, что вследствие «догматичности» в выполнении авторской эстетической программы его произведениям присуща излишняя «густота» хоровой фактуры, мешающая их исполнению на клиросе и в концертных программах. Именно критикам и композиторам санкт-петербургской школы (Н.И. Компанейскому, а затем и его другу протоиерею Михаилу Михайловичу Лисицыну) принадлежат первые справедливые оценки творчества мастеров московской ветви Нового направления, в особенности А.Д. Кастальского. Программной является его статья «О стиле церковных песнопений» («Русская духовная музыка в документах и материалах», том 3), написанная в связи с полемикой по вопросам церковного пения в «Московских ведомостях» с участием Николая Дмитриевича Кашкина, Германа Августовича Лароша, Степана Васильевича Смоленского, Александра Тихоновича Гречанинова, Василия Михайловича Металлова и др. По мнению Н.И. Компанейского, национальный стиль надо не «сочинять» или отождествлять с какими-либо «строгими стилями», а изучать по крюковым рукописям и в живом пении народа, духовном и светском. В этой статье проявилась исследовательская интуиция Н.И. Компанейского, который высказал идеи об унисоне как о совершеннейшей форме вокального искусства и о линеарной природе древнерусского многоголосия; он также наметил план разработки «русского стиля». Большое значение для певческой практики того времени имела выдвинутая Н.И. Компанейским и подхваченная многими идея «демества» как духовного внехрамового (концертного) пения. В серии очерков о новых сочинениях такого рода он писал, что «демество должно воспитывать религиозно-нравственное настроение, развивать любовь и усиливать интерес к обрядовой стороне религии». Н.И. Компанейский отстаивал идею равенства духовно-музыкального творчества с другими сферами профессиональной музыки, предлагая, в частности, ввести церковное пение в консерваторские программы (что осуществлено в настоящее время). В статье «Глумление ли над православною верою художественное пение в храме?» Н.И. Компанейский призывал к введению курса «религиозной эстетики» в программы духовных учебных заведений и к приходу на клирос крупных талантов – дирижёров и певцов. В исторических этюдах Н.И. Компанейский дал оценки духовно-музыкального творчества Михаила Ивановича Глинки, Дмитрия Степановича Бортнянского, Петра Ивановича Турчанинова, Петра Ильича Чайковского, Николая Андреевича Римского-Корсакова, Александра Александровича Копылова, Емельяна Михайловича Витошинского, Павла Григорьевича Чеснокова, протоиерея Михаила Александровича Лисицына, Дмитрия Моисеевича Яичкова и др.