В 1944 г., после возвращения советской администрации, финансовые органы попытались изъять у Кондрицкого монастыря инвентарь для изготовления вина – дробилки, пресс, а также половину вина, однако по распоряжению уполномоченного Совета по делам РПЦ всё имущество было немедленно возвращено насельникам. Спустя год также безуспешно наркомат просвещения Молдавской ССР пытался добиться выделения части помещений Кондрицкого монастыря для открытия детдома на сто человек. В это время в пользовании братии находилось 55 га земли, в том числе 20 га пашни, 22 га под садом, 10 га виноградников и 3 га огорода. Их обработка приносила братии доход в размере 40 тыс. руб. В 1945 г. земельные угодья обители сократились до 36,12 га. Однако монастырь приобрёл лошадь, свинью, десять кур; в хозяйстве появились повозка, два плуга, две бороны и прочий инвентарь. Из-за неблагоприятных погодных условий продуктивность хозяйства упала, и Кондрицкий монастырь смог сдать государству лишь 1315 кг зерна вместо 7650 запланированных. Семь иеромонахов перешли в другие приходы епархии. В 1946 г. часть монастырских построек была передана лесоводческой школе. Вскоре на основании решения Совета министров МССР от 18 января 1947 г. Кондрицкий монастырь был закрыт под предлогом того, что насельники вовремя не платят налоги. Настоятель и около 60 насельников были переведены в Хынковский во имя великомученицы Параскевы Пятницы монастырь (по другим данным – в монастыри Кэприанский и женский великомученика Георгия Победоносца в селе Суручены), немощных монахов отправили в дома престарелых, а некоторых молодых иноков определили на работу в колхозы. Никольская церковь была переоборудована под клуб, Успенская церковь – под склад ядохимикатов. В 1947 г. по просьбе епископа Кишинёвского и Молдавского Венедикта (Полякова) иконостас Никольского храма был передан в церковь архангела Михаила села Старые Дубоссары. В 1960 г. в монастырском комплексе был устроен детский лагерь отдыха имени Зои Космодемьянской. В 1993 г. по распоряжению главы Бессарабской митрополии Румынской православной церкви Петра (Пэдурару) Кондрицкий монастырь был возобновлён, настоятелем был архимандрит Филарет (Панку; 1993–2005 гг.). В начале марта 1995 г. иеромонах Филарет с братией обратились к митрополиту Кишинёвскому и всея Молдовы Владимиру (Кантаряну) с просьбой принять их под омофор РПЦ. Решением Священного Синода РПЦ от 5 мая 1995 г. Кондрицкий монастырь перешёл в юрисдикцию РПЦ. В 1995 г. в Кондрицком монастыре проживали настоятель, три иеромонаха, два иеродиакона, монах и шесть послушников, в 1998 г. – четыре иеромонаха, иеродиакон и шесть послушников. С 2005 г. администратором Кондрицкого монастыря был протоиерей Вячеслав Шпак, духовником – игумен Владимир. Средства на содержание братии дают доходы от фермы и пожертвования прихожан. В 1996 г. были восстановлены и освящены Успенская и зимняя Никольская церкви, в которых совершаются богослужения на молдавском языке. Средства на ремонт Успенской церкви внёс посол Франции в Республике Молдове, посетивший обитель в 1997 г. Построены два одноэтажных корпуса – келейный и дом настоятеля. 21 ноября 1996 г. дом настоятеля сгорел до фундамента. Пожар уничтожил старые книги и иконы, архив монастыря, церковную утварь. Среди реликвий Кондрицкого монастыря – древний камень с высеченным на нём крестом, стоящий во дворе обители, предположительно на месте деревянного храма XVIII в.