С начала 1919 г. часть помещений Коломенского Ново-Голувина монастыря заняло управление уездной и городской милиции. Циркулярное предписание губернского отдела управления от 23 мая обязывало власти города немедленно приступить к устройству на территории обители лагеря принудительных работ. Вопрос о создании концентрационного лагеря в Коломенском Ново-Голувине монастыре 16 июня 1919 г. был вынесен на заседание коллегии отдела управления Коломенского уездного исполкома. Но этот проект не был реализован. Около 1919 г. коломенский Ново-Голувин монастырь был закрыт. К тому времени в нём насчитывалось 16 монашествующих и 14 послушников. По инициативе местных властей, сославшихся на инструкцию о чрезвычайном налоге, у настоятеля архимандрита Леонида отобрали даже личные вещи и награды из серебра и золота. Кельи были переданы местному населению под жильё, а монастырский Троицкий собор обращён в приходский храм. 8 апреля 1922 г. Коломенская комиссия по изъятию церковных ценностей в присутствии настоятеля Троицкой церкви игумена Варсонофия и нескольких верующих конфисковала из храма четыре серебряных кадила, трёхсвечник, помазок и елейницу, сосуд с прибором, восемь лампадок, дарохранительницу, крест и ризы общим весом 2 пуда 10 фунтов 24 золотника; с митры был снят жемчуг. В декабре 1927 г. Коломенский горсовет заключил договор с Троицкой Ново-Голутвинской общиной верующих (77 человек) на аренду храма бывшей обители. В 1928 г. общиной руководил иеромонах Иоанн (Балагуров). Около 1930 г. Троицкий храм был закрыт, впоследствии церковное здание сдавалось в аренду швейно-ремонтной артели. В Сергиевской церкви размещались мастерские «Мособлхудожфонда». В апреле 1934 г. городской финансовый отдел продал монастырскую колокольню Коломенскому патефонному заводу. При этом постройки обители входили в «Списки памятников архитектуры, подлежащих государственной охране в Московской области». 29 декабря 1988 г. решением Совета по делам религии при Совете министров СССР архитектурный комплекс Коломенского Ново-Голувина монастыря был возвращён РПЦ для устроения первой женской общежительной обители в Московской епархии. 4 июля 1989 г. митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием (Поярковым) монахиня Ксения (Зайцева Ирина Юрьевна) была возведена в сан игуменьи. К сентябрю 2014 г. в обители проживали около 80 насельниц. 15 февраля 1989 г., в день празднования Сретения Господня, в монастырском Троицком храме было совершено первое богослужение. В 1999 г. была расписана трапезная часть храма, в 2003 г. выложены мозаикой полы, в 2004 г. установлен новый иконостас. В 1990 г. по благословению митрополита Ювеналия в подклете Троицкого храма была освящена церковь во имя блаженной Ксении Петербургской. Своды храма расписаны усилиями сестёр, в 1999 г. установлен керамический иконостас. Ежедневно в храме блаженной Ксении совершаются требы – молебны, панихиды. 14 октября 1996 г. митрополитом Ювеналием при бывшем братском корпусе был освящён храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы с приделом во имя преподобного Сергия Радонежского. В 2001 г. в обители была воздвигнута и 6 февраля 2002 г. епископом Видновским Тихоном (Недосекиным) освящена деревянная часовня во имя св. равноапостольного князя Владимира и великомученицы Анастасии Узорешительницы. Внутреннее убранство часовни (керамические лампады, мозаичная водосвятная чаша с крестом, вышитые иконы, резные киоты и наличники) выполнено сёстрами монастыря.