В декабре 1846 г. из дмитровского во имя святых Бориса и Глеба монастыря в Коломенский Ново-Голувин монастырь был переведён на должность настоятеля архимандрит Тихон (Угленский (Углянский); ум. 7 февраля 1871 г.). Считается, что архимандрит Тихон не относился с должным вниманием к своим административным обязанностям по решению практических потребностей обители. Прежде всего, настоятель интересовался историей возникновения расколов в Русской церкви и не жалел монастырских средств на приобретение книг и рукописей по данной проблематике. Со временем часть редких книг из своего собрания он передал в Московскую епархиальную библиотеку, остальные завещал продать, а вырученные средства передать в обитель. В 1871 г. после кончины архимандрита Тихона Коломенский Ново-Голувин монастырь оказался в упадке, в монастырской кассе оставалось около 15 руб. серебром, храмы обветшали, братии в обители было всего 15 человек. 26 ноября 1871 г. по инициативе и благословению митрополита Московского и Коломенского Иннокентия (Вениаминова) Коломенский Ново-Голувин монастырь был преобразован из штатного в «строгообщежительный». При новом настоятеле (1871–1883 гг.) архимандрите Сергии (Свешникове) количество монашествующих возросло до 50 человек. Монастырю оказывал значительное содействие коломенский меценат Г.Ф. Ротин, который, в частности, в 1876 г. пожертвовал двухэтажный дом с земельным участком в 526 сажён, приносивший годовой доход до 3 тыс. руб. В октябре 1876 г. епископ Можайский Игнатий (Рождественский) освятил в Коломенском Ново-Голувине монастыре храм во имя преподобного Сергия Радонежского. Для детей прихожан открылось народное училище на сорок человек. Годовой доход от богомольцев, часовни и хозяйственной деятельности монастыря составлял не меньше 10 тыс. руб. В 1876 г., во время Русско-турецкой войны, по инициативе архимандрита Сергия монастырь собирал деньги на помощь восставшим славянам. За заслуги по духовному ведомству архимандрит Сергий был награждён орденами св. Анны третьей и второй степени, а за организацию госпиталя и помощь в уходе за ранеными в Русско-турецкой войне удостоен знака Российского общества Красного Креста. В 1881 г. епархиальное начальство назначило его благочинным общежительных монастырей Московской епархии. Через два года архимандрит Сергий был переведён настоятелем в Иосифов Волоколамский в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь. На его место был назначен архимандрит Иоанникий (Постников), бывший ризничий Троице-Сергиевой лавры. Архимандрит Иоанникий стал одним из учредителей основанного в 1886 г. Братства праведного Филарета Милостивого, целью которого было оказание помощи бедным ученикам. Последующие настоятели сохраняли традиции, заведённые архимандритом Сергием, и приумножали благосостояние обители. В 1902 г. настоятелем игуменом Феодосием при монастыре была открыта Ново-Голутвинская церковноприходская школа, в которой к 1909 г. обучались 32 мальчика. 6 марта 1908 г. по ходатайству митрополита Московского и Коломенского Владимира (Богоявленского) Коломенский Ново-Голувин монастырь возглавил архимандрит Варнава (Накропин), который упрочил как уставную жизнь братии, так и внешнее благолепие. В 1908 г. обитель владела 130 десятинами земли, из казны получала 1249 руб. 7 коп.; на 1915–1916 г. монастырский капитал составлял 61 670 руб. На основании декрета СНК РСФСР 1918 г. «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» имущество Коломенского Ново-Голувина монастыря, в том числе находившаяся в собственности 181 десятина земли, было национализировано.