В мае 1922 г. патриарх Тихон был помещён под домашний арест. Его полномочия при поддержке ГПУ попыталось присвоить самочинно организованное обновленческое так называемое Высшее церковное управление (ВЦУ). Во все епархии были разосланы уполномоченные ВЦУ с целью утверждения обновленчества на местах. В июне в Казань прибыл обновленческий «священник-миссионер» Николай Пельц, который потребовал проведения собрания духовенства и письменного разрешения Кирилла духовенству присутствовать на этом собрании. Кирилл ответил, что если это собрание разрешено гражданской властью, то других разрешений не требуется. Этот ответ Н. Пельц расценил как выражение контрреволюционного настроения и пообещал Кириллу «всякие неприятности». 30 июня Н. Пельц вновь явился к Кириллу и предложил ему «призвать как городских, так и сельских священников к прекращению хотя бы и скрытого «шипения» против власти Советской» и попросил разрешить ему отслужить литургию в одном из рабочих районов Казани и сказать «примирительное слово». Кирилл категорически отказал, после чего Н. Пельц в тот же день подал на него жалобу председателю исполкома Татарской АССР, а также обратился в республиканское ГПУ с просьбой принять Кирилла «под особое наблюдение, не допустить ему внести смуту своими действиями, хотя бы и в жизни церковной, тесно связанной пока с жизнью страны» (Государственный архив социально-политической истории Кировской области). Для Кирилла было очевидно, что «обновленчество является антиправославным течением в церковной жизни и ничего общего у православного человека с этим течением не может быть». 5 июля 1922 г. Кирилл дал указания распространить послание к церкви против обновленчества от 18 июня того же года замещавшего патриарха Ярославского митрополита Агафангела (Преображенского). Послание было разослано по всем храмам Казанской епархии; духовенству было предложено прочитать его прихожанам за первым по получении праздничным богослужением (Государственный архив социально-политической истории Кировской области). Копии послания митрополита Агафангела по распоряжению Кирилла были отправлены и в другие епархии, в частности, епископам Самарскому Анатолию (Грисюку) и Уфимскому Борису (Шипулину). 19 июля 1922 г. постановлением обновленческого ВЦУ «в целях облегчения церковно-революционного движения» Кирилл был уволен на покой как «несоответствующий современному прогрессивному церковному строительству» («Живая Церковь». М., 1922 г.). За подписью управляющего делами ВЦУ Владимира Николаевича Львова Кириллу была послана телеграмма об увольнении, но он не придал ей значения и продолжил служение в качестве епархиального архиерея. 24 июля в Богоявленском соборе Казани под председательством Кирилла состоялось епархиальное собрание, на котором он заявил, что готов признать требования обновленческого ВЦУ как учреждения гражданского (если правительство признаёт за ними такую силу), но не церковного. В созываемом ВЦУ «поместном соборе», по словам Кирилла, можно было принять участие только с тем, чтобы заявить, что этот «собор» нецерковный.