С.Е. Кожухаров также существенно расширил сведения о произведениях тырновской и софийской книжных школ; открыл (на основании акростихов) не известные ранее авторы: иноки XIV в. Макарий (канон преподобной Параскеве-Петке) и Симеон (канон архангелам) и инок XVI в. Андрей (служба мученику Николаю Софийскому). В творчестве авторов тырновской школы С.Е. Кожухаров отметил особую популярность жанра параклиса (канона-молебна). В 1978 и 1979 гг. вместе с Х.Н. Кодовым и Борисом Евгеньевичем Райковым С.Е. Кожухаров участвовал в научных экспедициях в болгарский Зографский монастырь на Афоне, результатом которых стали подробное описание рукописей библейского содержания и краткий каталог всего собрания. Он также участвовал в составлении описи рукописей библиотеки Троянского монастыря. Заметный вклад С.Е. Кожухаров внёс в изучение средневековой болгарской музыкальной культуры, собрав максимальное количество сведений об использовании так называемой фитной нотации в рукописях XIII–XIV вв. С.Е. Кожухаров опубликовал совместный канон-молебен (параклис) святым Симеону и Савве Сербским по молдавскому списку XVI в. и определил влияние канона мученику Иоанну Новому митрополита Григория Цамблака на творчество русских книжников XVI–XVII вв. Также С.Е. Кожухарову принадлежит исследование и публикация болгарской летописной повести второй четверти XIII в. о перенесении мощей преподобной Параскевы-Петки из Каликратии в Тырнов и очерк о болгарской литературе этого столетия. Ряд положений по истории древнеболгарской гимнографии XIII в., которые С.Е. Кожухаров развивал, следуя предшествующей исследовательской традиции, в настоящее время пересмотрены: например, доказано, что службы преподобному Иоанну Рильскому и св. Михаилу Воину из Потуки являются переводами с греческого, а не оригинальными болгарскими произведениями (однако это не умаляет его исследовательских заслуг в целом). С.Е. Кожухаров входил в состав редколлегий «Кирилло-Мефодиевской энциклопедии» (1985–1995 гг., тома 1–2), изданий «Болгарские распевы» (София, 1971 г.), «Святогорская обитель Зограф» (София, 1995 г., том 1), «Монастырь Большой скит – школа болгарского распева: Скитские болгарские ирмологии XVII–XVIII вв.» (София, 1981 г., части 1–2), хрестоматий «Древнеболгарская литература» (София, 1981–1992 гг., тома 1–5) и «Золотой ключ классической болгарской художественной литературы» (София, 2001 г., том 1), а также периодических изданий «История литературы» (София, 1977–1991 гг., книги 1–20) и «Староболгаристика» (София, 1992–1999 гг.). С.Е. Кожухаров написал многочисленные энциклопедические статьи по истории болгарской литературы для «Кирилло-Мефодиевской энциклопедии» (1985–1995 гг., тома 1–2), энциклопедии «Болгария» (София, 1978–1986 гг., тома 1–5), Словаря болгарской литературы (София, 1976–1982 гг., тома 1–3), «Древнеболгарская литература: Энциклопедический словарь» (София, 1992 г.).