В последних главах монографии Б.М. Клосс исследовал использование Никоновской летописи при составлении памятников царского летописания второй половины XVI в., в том числе летописного свода Ивана IV Васильевича Грозного, изучил редакции и списки памятника XVII–XVIII вв., его влияние на летописание Троице-Сергиева монастыря и патриарший свод 1670 гг. Монография Б.М. Клосса была высоко оценена учёными и не потеряла научного значения до настоящего времени. К концу 1990 гг. Б.М. Клосс подготовил к изданию «Избранные труды» в двух томах, куда вошли как публиковавшиеся раньше тексты, так и впервые издаваемые исследования. Том 1 посвящён изучению Жития преподобного Сергия Радонежского и публикации его отдельных редакций. Исследователем было выявлено в архивных хранилищах России и других стран больше 400 рукописей, содержащих сведения о жизни и чудесах преподобного Сергия, определены новые редакции Жития, высказаны гипотезы об отдельных фактах биографии святого, приведены и проанализированы данные о монастырской реформе на Руси в XIV в., уделено внимание проблеме происхождения иконы «Святая Троица» Андрея Рублёва. Часть исследования посвящена троицкой литературной школе начиная с агиографа иеромонаха Епифания Премудрого. Том содержит публикацию важнейших редакций Жития преподобного Сергия. В томе 2 опубликованы «Очерки по истории русской агиографии XIV–XVI вв.»; освещены начальные этапы становления агиографического жанра в Москве (Жития святых митрополитов Петра и Алексия), Твери (агиографические сочинения о св. князьях Михаиле Ярославиче, Михаиле Александровиче, преподобно Софии Ярославне, св. епископе Арсении), Ярославле (произведения, повествующие о св. князе Феодоре Ростиславиче Смоленском и Ярославском), Суздале (Жития преподобных Евфимия и Евфросинии Суздальских). Изучена рукописная традиция о чудесах от Владимирской иконы Божьей Матери («Повесть о Темир-Аксаке»). Предложена новая датировка «Сказания о Мамаевом побоище» – 1521 г., заново исследована история создания «Повести о Николе Заразском». В отдельной главе с привлечением памятников агиографии рассматривается формирование идеологии складывающегося Российского государства (представления о Москве как об общерусской столице, о царе и самодержавии). Почти каждая глава тома сопровождается изданием различных редакций литературных памятников, в том числе впервые вводимых в научный оборот. Издание «Избранных трудов» Б.М. Клосса вызвало неоднозначную реакцию среди исследователей Древней Руси, которые, тем не менее, стали важной вехой в изучении русской агиографии, возобновившемся в постсоветский период.