В обязанности начальников входило руководство братией, богослужениями, заведование церковным имуществом, сбор пожертвований и передача полученных сумм в лаврское казначейство (Центральный государственный исторический архив Киева). 6 августа 1853 г. по указу Киевского митрополита Филарета (Амфитеатрова) обитель стала именоваться Свято-Троицкой. Одновременно главный Троицкий храм основательно отремонтировали, но уже к концу ХIX в. он стал тесным для братии (166 человек по состоянию на 1892 г.). В дни праздников в обитель на богослужение приходили лаврские монахи, а также монахи, служащие в соседних хозяйствах, окрестные жители и паломники, многие молились на улице. Старанием начальника пустыни игумена Герасима Троицкая церковь была увеличена за счёт пристройки в западной части. В 1900 г. там установили голландские печи, и стало возможным совершать богослужения в холодные дни (Центральный государственный исторический архив Киева). Особое место пустынь занимала в лаврском погребальном комплексе. После приостановки в начале 1780 гг. захоронения непосредственно на территории Печерской лавры тех, кто раньше сделали вклады на погребение на погосте Великой Успенской церкви, хоронили в пустыни. Об этом свидетельствуют захоронение 1781 г. у Троицкой церкви флоровской монахини Афанасии (в миру княгиня Т.Г. Горчакова; в девичестве Морткина), при жизни она внесла вклад на погребение при Успенской церкви, а также обращение 1782 г. в Духовный собор вдовы киево-подольского мещанина И. Бовтка (ктитора церкви Николая Чудотворца (Николы Доброго), похороненного в лавре по вкладу на погребение обоих супругов). В этом обращении вдова, ссылаясь на то, «что мёртвых тел в Лавре уже погребать запрещено», просит похоронить её в пустыни (Центральный государственный исторический архив Киева). Всего же на погосте китаевской Троицкой церкви находилось больше сотни захоронений. У северной стены храма были погребены преподобные Досифей Китаевский и Феофил (Горенковский). В пустыни был похоронен и настоятель киевского Выдубицкого монастыря архимандрит Вениамин (Базилевич; ум. в 1873 г.). Киевский юродивый Иоанн Босой (Ковалевский; ум. в 1855 г.) погребён в склепе, который для себя и своего друга Иоанна построил иеромонах Иларион. Значительное по размерам кладбище действовало в северной части монастырского подворья до 1870 г. В 1860–1870 гг. недалеко от подворья Троицкого монастыря был построен Преображенский скит. После закрытия кладбища на территории Троицкого монастыря лаврскую братию стали хоронить в Преображенской пустыни. К 1970 гг. кладбищенский комплекс пустыни был практически уничтожен. В XXI в. кладбище предполагается возобновить в прежних границах. В хозяйственной жизни лавры значительную роль играли белильня воска и свечной завод. При обители была небольшая пасека, сады и огороды; для обеспечения мукой и хлебом китаевской братии на реке Самборе, по соседству с пустынью, были построены плотина с мельницей, на подворье – пекарня. Однако из-за отсутствия хлебопахотных угодий собственных ресурсов для обеспечения монастыря зерном и мукой не хватало: братия получала ежемесячное довольствие из лавры, а также пожертвования благодетелей.