По желанию царя, стремившегося возвысить Вологодско-Пермскую епархию за счёт вызвавшего недовольство монарха Новгорода, в 1571 г. Великопермской кафедре из Новгородской епархии были переданы земли, расположенные вдоль рек Вага и Северная Двина, а также Каргополь. В Вологде, одной из царских резиденций, по приказу царя в 1568 г. началось возведение каменного Софийского собора. Во время нашествия крымского хана Девлет-Гирея на Москву в мае 1571 г., когда большая часть столицы была сожжена, митрополит укрылся в Успенском соборе: «И церкви каменые от жару росседалися, и люди в каменых церквах и в каменных погребех горели и задыхалися, едва где кто Божиим сохранением от смерти избыл. Митрополит же Кирил со освященным собором в те поры просидели в церкве Пречистые Богородицы в соборной» («Полное собрание русских летописей», том 13). В том же году Кирилл III ходатайствовал перед царём за князя Ивана Фёдоровича Мстиславского, который был обвинён в том, что «всей Русской земле изменил», наведя войска крымского хана (Духовные и договорные грамоты великий и удельных князей). 10 декабря 1571 г. Кирилл III послал грамоту в Кириллов Белозерский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь в связи с началом военных действий со Швецией. Митрополит призвал братию творить усиленные молитвы во время Рождественского поста и служить молебны о даровании победы русскому воинству (Акты археологической экспедиции, том 1). В том же году одновременно с царём Кирилл III направил милостыню Константинопольскому патриарху Митрофану III – 100 руб. Монастыри при Кирилле III получили расширение иммунитетных привилегий. 12 марта 1570 г. митрополит освободил Кириллов Белозерский монастырь от уплаты митрополичьих пошлин с церковью во имя архангела Михаила в монастырском селе Вертлинском Дмитровского уезда (Акты археологической экспедиции, том 1). Игумен Иосифова Волоколамского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря Леонид (Протасьев) обращался к Кириллу III с просьбой о выдаче жалованной грамоты на монастырские церкви (о чём сохранились сведения в жалованной грамоте митрополита Антония Иосифовой обители от 18 мая 1573 г.). Кирилл III подтвердил жалованную грамоту Макария Евфимиеву суздальскому в честь Преображения Господня монастырю, освобождавшую приписной к обители храм в селе Мугрееве от пошлин, и его же грамоту строителю Успенской Адриановой пустыни старцу Елеазару. Кирилл III давал жалованные грамоты и отдельным храмам («Русская историческая библиотека», том 32). Сохранилась выданная митрополитом в 1570 г. отпускная грамота священнику Панкратию (Российская национальная библиотека). В 1569 г. в Пскове была явлена чудотворная Святогорская икона Божьей Матери. В том же году на Соборе был прославлен Тихон Лухский (ум. в 1503 г.) в связи с исцелениями от его мощей. При Кирилле III в Москве состоялся первый открытый диспут с иноверными: в 1570 г. Иван IV полемизировал с чешским протестантским пастором Яном Рокитой. Об участии в диспуте Кирилла III у исследователей сведений нет. По мнению Вадима Ивановича Корецкого, в окружении Кирилла III велись летописные записи, в которых отразились антиопричные настроения (эта гипотеза не получила поддержки др. исследователей). Кирилл III скончался в Москве, погребён 10 февраля не в московском Успенском соборе, как предыдущие первосвятители, но в принадлежавшем митрополитам московском Новинском монастыре.