В Новгороде опричники грабили церковное имущество, священников и монахов забивали насмерть на правеже, требуя с них деньги. Под Псковом был убит игумен Псково-Печерского монастыря Корнилий. Кирилл III не оказал сопротивления действиям царя. В июле 1570 г. на Соборе под председательством митрополита Новгородский архиепископ Пимен был запрещён в священнослужении и отправлен в заключение в Венев во имя святителя Николая Чудотворца монастырь, где в следующем году скончался. В том же году был извергнут из сана Рязанский епископ Филофей, казнены несколько близких к нему лиц, в том числе бывший его казначей архимандрит Солотчинского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря Исаак (Сумин), убит архимандрит нижегородского Печерского в честь Вознесения Господня монастыря. Во время новгородского похода царь и митрополит находились в переписке, о чём исследователям известно из описи Посольского приказа 1626 г.: «Да туто ж государева грамота к митрополиту Кирилу о походе царя Ивана Васильевича всеа Русии в Великий Новгород, писана в Великом Новегороде в 78-м году (1570 г.). Да под грамотою от митрополита Кирила ко государю отписка, что приговорили они на Соборе Новгородцкому архиепископу Пимину против государевы грамоты за его безчинье священная не действовати. И под отпискою государева грамота к митрополиту Кирилу, что архиепископу Пимину служити не велено, а сану б с нево до подлинного сыску и до соборного уложенья не снимати» (Духовные и договорные грамоты великих и удельных князей). В описи упоминаются ещё одна царская грамота КириллуIII и ответ митрополита от 1570 г. В грамоте царя говорится о том, чтобы митрополит молился о здоровье правителя и его сыновей Ивана Ивановича и Фёдора Ивановича и чтобы «бояр и всяких людей о службе безо всякие хитрости утверждал по-прежнему» (Духовные и договорные грамоты великих и удельных князей), что, по мнению исследователей, было связано с казнью в октябре 1569 г. удельного Старицкого князя Владимира Андреевича. В начале июня 1570 г. в Москве Кирилл III возглавил хиротонию во епископа Суздальского Варлаама, игумена Стефанова Махрищского во имя Святой Троицы монастыря. Исследователи полагают, что поставление Варлаама связано с тем, что Махрищский монастырь был взят в опричнину. 4 декабря 1571 г. Кирилл III К. «повелением» Ивана IV совершил хиротонию архимандрита московского Чудова в честь Чуда архангела Михаила в Хонех мужского монастыря Леонида в архиепископа Новгородского и Псковского. Новгородский архиепископ Леонид был ставленником царя, отзывавшегося весьма одобрительно о порядках в Чудовом монастыре (в качестве настоятеля Чудова монастыря Леонид был преемником царского любимца Левкия, о котором Иван Грозный писал с похвалами в послании в Кириллов Белозерский монастырь). В 1570 г. в Дерпте (Юрьеве), занятом русскими войсками в 1558 г. в ходе Ливонской войны, была учреждена православная Юрьево-Ливонская епархия, куда Кирилл III поставил епископом Корнилия.