Патриарх Христодул против своей воли, как полагают исследователи, под давлением везира, должен был поставить Кирилла митрополитом, однако из-за изменения политической обстановки хиротония не состоялась. Тем не менее, Кирилл каким-то образом утвердился на престоле Эфиопского митрополита. Позже, уже при Кирилле II, племянник Виктора Севир привлёк на свою сторону каирские власти обещанием поставить Эфиопию в вассальную зависимость от Фатимидского халифата. Было достигнуто соглашение о восстановлении четырёх мечетей, действовавших раньше в Эфиопии, свободе передвижения для мусульманских торговцев и регулярной доставке подарков – фактически дани. Патриарх по приказу везира рукоположил Севира во митрополита и отправил его в Эфиопию. Занимавший митрополичью кафедру Кирилл пытался бежать, но был схвачен, отправлен в Каир на суд и казнён. Севир, возглавляя Эфиопскую церковь, стремился реформировать местные обычаи, в частности, боролся с многожёнством, в чём его поддерживал Кирилл II. Однако обещания, данные Севиром фатимидскому везиру, не выполнялись; в 1089 г. это привело к обострению отношений между халифатом и Эфиопией. Бадр аль-Джамали указывал, что дары посылались нерегулярно, мусульманские торговцы в Эфиопии жаловались на притеснения, а мечети так и не были восстановлены. Везир повелел патриарху направить в Эфиопию двух епископов с требованием выполнить условия соглашения; другой посланник привёз в Эфиопию грамоту от Бадра. По утверждению Мавхуба ибн Мансура, везир угрожал разрушить все церкви Египта в случае невыполнения своих требований; в ответ эфиопский царь пообещал прислать ему все кирпичи и камни Мекки. Эта переписка, несомненно, апокрифична, однако она отражает как тесные связи Коптской церкви с Эфиопией, так и растущие торговые и стратегические интересы Египта в Красноморском регионе. В патриаршество Кирилла II завершался переход коптов на арабский язык. Быстрее всего процесс арабизации шёл в среде светской знати Александрии и Фустата-Каира. Это стимулировало активную переводческую деятельность коптских книжников, которые стремились донести до своего народа на понятном ему языке христианскую литературную традицию; появилась масса арабоязычных сочинений по каноническому праву, богословию, церковной истории. Под руководством диакона Мавхуба ибн Мансура ибн аль-Муфарриджа в 1080–1090 гг. был выполнен арабский перевод коптских жизнеописаний 65 Александрийских патриархов, ставший основой арабской «Истории Александрийских патриархов» – главного памятника коптской церковной историографии. Мавхуб ибн Мансур также написал на арабском языке биографии современных ему патриархов Христодула и Кирилла II. Около 1078 г. в коптской среде был составлен богословский сборник «Исповедание отцов», содержащий святоотеческие и другие тексты, в том числе апологетику монофизитской христологии. Память Кирилла II и небольшое сказание о нём, а также салам (краткое величание) в его честь были включены в эфиопский Синаксарь (XV в.) под 12 сане (6 июня), но отсутствуют под соответствующим числом в копто-арабском Синаксаре, на котором основан эфиопский.