В 1084 г. Кирилл II был вызван в Каир из своей резиденции в городе Дамру в Дельте и вопреки желанию оставлен в столице для содействия властям в решении ряда политических задач, в первую очередь, касавшихся отношений с христианами Нубии и Эфиопии. Кирилл II был малообразованным человеком, и епископы, избиравшие его на патриаршество, рассчитывали легко контролировать ставленника. Однако новый патриарх стал усердно изучать Священное Писание и коптские толкования к нему и скоро мог рассуждать на богословские темы лучше, чем епископы и священники. В начале правления Кирилл II рукоположил ряд архиереев на пустовавшие кафедры. При этом в отличие от большинства своих предшественников он не брал деньги за хиротонии, однако условился с новопоставленными епископами об отчислении части их доходов в пользу патриархии. Такое положение не устраивало многих архиереев, и в Коптской церкви сложилась сильная оппозиция Кириллу II. К везиру поступали многочисленные жалобы на патриарха, и в 1086 г. Бадр повелел провести в Каире церковный Собор для разбора конфликтной ситуации. Источники содержат редкий для коптской исторической литературы перечень 47 епископов, участвовавших в Соборе: по 22 архиерея от Верхнего и Нижнего Египта, а также епископы Мисра, Гизы и Эль-Хандака из столичного региона. 16 августа Собор заседал в саду дворца везира, а Бадр председательствовал на нём, подобно византийским императорам эпохи Вселенских соборов. Бадр поддержал авторитет патриарха и повелел архиереям подчиняться своему предстоятелю. По его предписанию Кирилл II составил 34 канона для упорядочения церковной жизни; большинство из них определяло поведение епископов, меньшая часть – прочего клира и мирян. Коптский патриарший престол в Александрии оставался духовным центром христиан Нубии и Эфиопии. Стремясь включить в сферу своего влияния эти страны, Фатимиды активно использовали авторитет коптского патриарха. Бадр аль-Джамали добился содействия Соломона, правителя северо-нубийского царства Мукурра, в подавлении последних очагов смуты в Верхнем Египте. В 1079 г. Соломон уступил престол своему племяннику и удалился в один из монастырей под Асуаном, где был задержан фатимидским наместником и препровождён в столицу. Бадр аль-Джамали принял Соломона с почестями и поселил как почётного заложника в одном из дворцов Каира (впоследствии тот был торжественно погребён в обители Дейр-эль-Хандак). Эфиопская церковно-политическая история XI в., включая копто-эфиопские отношения, известна исследователям только по данным «Истории Александрийских патриархов», но и этот источник содержит много неясностей. Некий Али аль-Кифти в 1076/1077 г. добился низложения Эфиопского митрополита Виктора и продвигал на его место Кирилла-Абдуна, который, как считалось, симпатизировал исламу.