Члены царствующего дома представлены в росписи как преемники ветхозаветных царей; претензии Багратиони на происхождение от рода библейского царя Давида подчёркиваются введением в программу росписи композиции «Древо Иессеево» (юго-западный компартимент южной стены, напротив северного входа), тождеством образов царя Соломона (композиция «Сошествие во ад») и царицы св. Тамары, направленным на Багратиони жестом ангела у гроба Господня (композиция «Жёны-мироносицы у гроба Господня»), который трактуют как намёк на включение Багратиони в совершающееся чудо спасения, и т.д. Считается, что редкие сцены «Древо Иессеево» и «Три отрока в пещи огненной» (центральная часть западной стены, над входом на галерею), выражающие догмат о Христе как о Богочеловеке, придали росписи антимонофизитскую направленность. На южной стене с моделью храма в руках изображён ктитор, епископ Чкондидский Антон (Глонистависдзе), предстоящий поясному образу святителя Николая, которого первый везир особо почитал. Считается, что он принял непосредственное участие в посвящении кафоликона святителю. Объяснение этому исследователи находят в биографии мцигнобартухуцеси: когда епископ Антон подвергся несправедливому притеснению со стороны католикоса-патриарха всей Грузии Михаила IV (Мирианисдзе; 1178–1187 гг.), был созван церковный Собор, на который из Иерусалима был приглашён бывший католикос-патриарх Грузии Николай I (Гулаберисдзе; 1150 гг.; его небесный покровитель – святитель Николай), и благодаря его авторитету епископ Антон был оправдан. Церковь обильно украшена орнаментом. На всех арках, сводах, в проёмах окон находятся помещённые в медальоны изображения процветших крестов, размер которых увеличивается по мере приближения к центральной композиции в скуфье купола «Слава креста». Общее решение пространства храма отвечает стилю высокого монументализма грузинской живописи конца X – начала XII вв. (крупные композиции и фигуры, лаконичность, репрезентативность, центрическое построение сцен). В то же время росписи присущи такие новые черты, как динамичность рисунка, утончённая моделировка форм, удлинённые пропорции фигур, летящие складки одежд и т.д. Представлены как мощные и монументальные образы, так и изящные и нежные, очерченные каллиграфически упругой тонкой линией; лики прозрачные, как бы вплавленные притенениями и высветлениями, выражают лиричность, нежность и печаль или строгость и созерцательность. В непрерывном динамичном движении рисунок объединяет фигуры, композиции и настенные циклы. По мнению исследователей. совмещение нежности и силы, монументальности и рафинированности – характерная черта росписи кафоликона святителя Николая. Во фресках исследователи различают несколько живописных почерков (шесть или семь), но при этом роспись представляет единое произведение, что в немалой степени определяется её колоритом, соотношением лазурного, светло-зелёного и ярко-белого, с вкраплениями киноварных и тёпло-золотистых тонов, обогащённое применением золота на нимбах и одеяниях. Исследователи отмечают, что основной лазурный цвет (фон, разделка одежд, орнаменты, изображение архитектуры и т.д.) в росписях Кинцвиси отличается особой светоносностью, с ним соотносится такой же светящийся зелёный (кадмий светлый).