Здание освещается маленьким окном с юга (смещено к востоку от входа) и большим – с запада. Над западным окном помещено рельефное изображение креста. Церковь во имя Пресвятой Богородицы (11,2х4,5 м; X в.) расположена в северо-западной части комплекса, над обрывом. Это – бесстолпное, слегка вытянутое по оси «запад-восток» сооружение с одной апсидой, сложенное из блоков туфа красного и серого цвета. Здание сильно разрушено (по мнению исследователей, вследствие оползня), сохранились лишь алтарная часть и восточная часть наоса, ныне перекрытые двускатной кровлей. По мнению исследователей, росписи Кинцвиси занимают особое место среди памятников средневекового искусства Грузии, они выполнены на высоком художественном уровне и интересны исследователям содержащимися в них историческими сведениями. По сравнению со скромным оформлением фасада кафоликона во имя святителя Николая его интерьер почти целиком украшен стенной росписью, поражающей исследователей богатством колорита, в основе которого лазурный цвет, и величественностью образов. На основе стилистического анализа и изучения представленных в ктиторском ряду портретов исторических деятелей роспись исследователи датируют началом XIII в., предположительно 1205–1206 гг. (по мнению Виктора Никитича Лазарева, не позже 1208 г.). По мнению исследователей, в целом традиционную программу росписи отличает от одновремённых памятников византийской и грузинской живописи включение в неё нескольких ведущих тем, волновавших православный мир той эпохи, и их переработка с учётом грузинских церковных и художественных традиций. В скуфье купола представлена типичная для грузинского искусства композиция «Слава креста» в окружении девяти архангелов с трёхфигурным Деисусом в восточной части; в простенках окон барабана в два ряда расположены по 12 изображений праотцев и пророков (первосвященника Аарона, пророков Илии, Моисея, Ионы, Иоиля, Аввакума, Софонии, Захарии, Иезекииля, Малахии, Иеремии, Исаии) и мучеников (Мины, Созара (?), Иакова, Флора и Лавра, Марка, Платона, Гурия, Самона и Авива, Онисифора, Андрея Стратилата); в парусах – поясные изображения евангелистов в медальонах, каждое фланкировано двумя парящими ангелами. В конхе апсиды – композиция с образом Божьей Матери, сидящей на престоле с Младенцем на коленях, Ей предстоят два архангела. В нижнем регистре центральной части конхи между алтарными окнами – образы двух святителей, определяемых хорошо сохранившимися грузинскими надписями как святитель Николай, епископ Мирликийский, и святитель Сильвестр, папа Римский. Парное изображение этих святителей – участников первого Вселенского собора, а также композиция, представляющая этот Собор в западной части храма (на восточном склоне западного свода; сохранились абрисы), придают росписи антиеретическую направленность, что было обусловлено исторической обстановкой в Византийской империи и в Грузии того времени. На стенах вимы помещена двухчастная сцена «Причащение апостолов». В самом нижнем регистре (стены апсиды и вимы) – чин святителей (начиная с севесрной части вимы: священномученик Александрийский епископ Пётр I, Григорий Чудотворец, Александрийский патриарх Кирилл, Николай Чудотворец, Власий (?) (Харалампий (?)), Иоанн Златоуст, Григорий Богослов, Баер (?) (Багр(ат) (?)), Василий Великий, Афанасий I Великий, Григорий Нисский и Константинопольский патриарх Митрофан I).