В 815 г. Емилиан был отправлен императором в ссылку, где и скончался. На территории Кизической митрополии находилось несколько монастырей, самым известным из которых был Мегас-Агрос (близ Скипсиса, ныне Куршунлутепе), где подвизался Феофан Исповедник (ум. в 818 г.). Высказывались предположения, что находящийся недалеко от Мегас-Агроса монастырь Полихний можно отождествить с монастырём Полихроний, игуменом которого до начала миссионерской деятельности был равноапостольный Мефодий. Кизический архиепископ Амфилохий был любимым учеником Константинопольского патриарха Фотия, которому тот посвятил трактат «Амфилохии» (скорее всего, как полагают исследователи, написан в 867–877 гг.). В 902 г. Кизик разграбил арабский флот Льва Триполийского. Кизические митрополиты Игнатий и Димитрий известны исследователям как адресаты писем Константинопольского патриарха Николая I Мистика, написанных в его второе патриаршество (912–925 гг.). Митрополит Феодор Кизический был другом императора Константина VII Багрянородного (913–959 гг.); сохранились его письма и Похвала священномученику Власию, епископу Севастийскому. Известный как строгий аскет Константинопольский патриарх Василий I Скамандрин (970–974 гг.) основал монастырь на реке Скамандр близ Кизика. Кизический митрополит Димитрий (первая половина XI в.), византийский канонист и церковный писатель, упоминается в источниках в связи с деятельностью Константинопольского патриархата, направленной против яковитов (участник Собора в Мелитине в 1030 г. и патриаршего Синода 1039 г., автор трактата о догматических заблуждениях яковитов и армян). Димитрий присоединился к митрополитам, предпринявшим попытку низложить Константинопольского патриарха Алексия Студита, которая окончилась неудачей. Кизический митрополит Феофан принял участие в работе патриаршего Синода 1054 г. В 1063 г. землетрясение разрушило почти весь город. В 1081 г. Кизик разорили турки-сельджуки, в 1092 г. они опять захватили город, но его вскоре освободило войско императора Алексея I Комнина. В 1113 г. сельджуки снова разграбили Кизик. Около 1204 г. митрополитом Кизическим с именем Кирилл стал писатель и дидаскал патриаршей школы Константин Стилвис. Пострадавший в 1204 г. от крестоносцев Кизик был восстановлен ими в 1206 г.; в городе была учреждена латинская архиепископия. Около 1225 г. Кизик был отвоёван Никейским императором Иоанном III Дукой Ватацем. Во внутрицерковной жизни третьей четверти XIII в. активно участвовали Кизические митрополиты Феодор Скутариот (до 1270 – 1283 гг.), поддерживавший Лионскую унию и написавший «Обзорную хронику», и Даниил (1283–1289 гг.) – антиуниат, сторонник, а впоследствии противник патриарха Григория II Кипрского (1283–1289 гг.). В 1303–1304 гг. Кизик стал пристанищем для пиратов-каталонцев. Вскоре после 1335 г. город захватил султан Орхан. Митрополит Афанасий Кизический (1324–1347 гг.), хотя и не сразу подписал томос Собора 1341 г., впоследствии стал одним из последователей Григория Паламы. Сторонником Григория Паламы был и митрополит Арсений Кизический (1350–1369 гг.; подписал томосы 1351 и 1368 гг., автор сочинения против Прохора Кидониса).