С 1885 г. в звании приват-доцента на кафедре истории церкви начал работать Степан Тимофеевич Голубев (1848–1920 гг.), известный исследователь истории духовных учебных заведений, истории православной церкви ХVI–ХIХ вв., биографий представителей духовенства. С 1891 г. С.Т. Голубев исполнял обязанности экстраординарного профессора. М.С. Грушевский, который рассматривал историю церкви как неотъемлемую часть развития общественно-политической жизни, опубликовал работу, посвящённую истории религиозной мысли (1925 г.). Его брат, Александр Сергеевич Грушевский (1877–1942 гг.), не только обучавшийся в Киевском университете, но и получивший здесь звания приват-доцента и профессора, исследовал экономическую сторону жизни монастырей. Аналогичными вопросами занимался профессор Виктор Александрович Романовский (1890–1971 гг.), работавший на кафедре российской истории. Некоторое время здесь преподавал историк церкви Владимир Александрович Пархоменко (1880–1942 гг.). Особое внимание истории церкви уделяли также выпускники и преподаватели университета Владимир Степанович Иконников, Иван Васильевич Лучицкий, Орест Иванович Левицкий, Иван Иванович Огиенко (см. епископ Иларион (Огиенко)), Александр Петрович Оглоблин и др. В советский период возрождение исследований по истории церкви в Киевском университете стало возможным в 1970–1980 гг. благодаря публикациям Олега Прокофьевича Крижановского (Киев, 1991 г.) и Вячеслава Михайловича Мордвинцева (Киев, 1980 г.). Их научные труды были посвящены социально-экономическим аспектам развития церковных структур на Правобережной и Левобережной Украине. Это были первые комплексные работы университетских профессоров советского периода, заложившие основу создания ряда исследований постсоветского периода. Итогом этой деятельности стала история церкви ХV – середины ХIХ вв. Это – первое исследование, написанное на Украине Василием Иринарховичем Ульяновским, О.П. Крижановским и Сергеем Николаевичем Плохием (Киев, 1994 г., три книги). В 1990 гг. именно в Киевском университете были подготовлены диссертации по проблемам истории церкви (организационным, хозяйственно-экономическим, социальным, политическим, биографическим). С 1997 г. на кафедре древней и новой истории Украины (под руководством профессора В.И. Ульяновского) проходят ежемесячные семинары, посвящённые проблемам Средневековья, истории церкви и науки. Таким образом, Киевский университет является одним из центров на Украине по изучению истории церкви. Источники сведений по истории Киевского университета находятся в основном в Центральном государственном историческом архиве Украины в Киеве (ЦГИАК), в Институте рукописей при Центральной научной библиотеке имени В.И. Вернадского (НБУВ ИР) и в архиве самого университета. В ЦГИАК материалы размещены в нескольких архивных фондах. Основным является фонд 708 («Киевский университет»), насчитывающий почти 80 тыс. дел. Среди документов – переписка с Министерством просвещения, распоряжения ректора, дела о награждениях, протоколы заседаний, отчёты о деятельности факультетов, финансовые отчёты и др. Кроме того, материалы находятся и в других фондах. В НБУВ ИР сведения сконцентрированы в фонде 8 («Киевский университет св. Владимира»). Здесь собраны документы по истории университета, его библиотеки, научных обществ, а также универсалы украинских гетманов Богдана Михайловича Хмельницкого, Ивана Степановича Мазепы, Ивана Ильича Скоропадского, материалы с автографами Александра Васильевича Суворова, Михаила Илларионовича Кутузова, графа Петра Александровича Румянцева-Задунайского и др. В собрании современного университетского архива есть документы советского и постсоветского периодов развития университета, хранятся личные дела профессорско-преподавательского состава.