Датой основания Киевской комиссии считается 19 ноября 1843 г., когда организационным комитетом был составлен акт о её создании. 8 декабря состоялось первое заседание. Деятельность новой комиссии не ограничивалась рамками Киевской комиссии для разбора древних актов генерал-губернаторства. Уже в 1844 г. для Киевской комиссии были открыты архивы Черниговского губернского правления, а с 1845 г. начали поступать материалы из архива Львовского ставропигиального института и из Московского Главного архива Министерства иностранных дел. В дальнейшем разыскная деятельность охватила значительную часть государственных, частных и церковных архивов. Члены комиссии отбирали наиболее важные документы и создавали собственный архив. При необходимости документы копировали. К примеру, собрание фельдмаршала Петра Александровича Румянцева-Задунайского в 1852 г. было передано из Чернигова полностью, а материалы московского архива, касающиеся деятельности гетмана Богдана Михайловича Хмельницкого, скопированы и возвращены (среди них – письма гетмана патриарху Московскому и всея Руси Никону 1653 г.). Накопленный материал уже в первые годы поставил перед комиссией необходимость публикаций. В начале 1844 г. был представлен проект издания сборника, осуществлённый в 1845–1859 гг. под названием «Памятники, изданные Временною комиссиею для разбора древних актов, Высочайше учрежденною при Киевском военном, Подольском и Волынском генерал-губернаторе». Четыре тома «Памятников...» содержали документы из истории украинских церковных братств ХVI–ХVII вв., социально-экономического развития Украины, времён Освободительной войны и Руины. Таким образом, впервые на территории Украины были реализованы принципы публикации исторических источников. Первый же изданный том был высоко оценён специалистами, о чём свидетельствуют рецензии 1845 г., размещённые в «Финском вестнике» и «Отечественных записках». Единственный критический отзыв был опубликован историком Константином Дмитриевичем Кавелиным в 1847 г. на страницах «Современника». В 1850 гг. комиссия переживала бюджетные трудности. До 1853 г. было издано девять томов, за следующие пять лет – только три тома, причём два из них были подготовлены раньше. В то же время сборники пользовались большим успехом среди учебных заведений (тираж составлял 800–1200 экз.). Издания Киевской комиссии для разбора древних актов рассылались в университеты, гимназии и училища Санкт-Петербурга, Киева, Казани, Нижнего Новгорода, Ровно, Симбирска, Новгород-Северска, Немирова, Полтавской, Новгородской, Олонецкой губерний и т.д.