В 1983 г. вошёл в состав редакционного совета журнала «Communio». Тогда же как приглашённый профессор преподавал в Католическом университете Америки в Вашингтоне. В качестве специального секретаря участвовал в работе экстраординарной генеральной ассамблеи Всемирного Синода епископов (1985 г.). 4 апреля 1989 г. избран епископом Роттенбург-Штутгартским, 17 апреля того же года избрание было утверждено папой Иоанном Павлом II. 17 июня епископскую хиротонию В. Каспера в роттенбургском кафедральном соборе св. Мартина совершил Фрайбургский архиепископ Оскар Зайер. Епископским девизом В. Каспера стали слова «Veritatem in caritate» («Истина в любви»). В 1991 г. назначен председателем комитета по внешним сношениям и заместителем председателя комиссии по вопросам вероучения Конференции немецких католических епископов. В 1994 г. стал сопредседателем Международной комиссии по католическо-лютеранскому диалогу. В 1994 г. вместе с архиепископом Оскаром Зайером и епископом Карлом Леманном подписал открытое письмо с предложением дать возможность находящимся в разводе католикам участвовать в таинстве евхаристии. В 1998 г. вошёл в состав Конгрегации вероучения и папского совета по культуре. 16 марта 1999 г. папа Иоанн Павел II назначил В. Каспера секретарём папского совета по содействию христианскому единству и вице-председателем комиссии по религиозным отношениям с иудаизмом. В связи с этим назначением 31 мая 1999 г. В. Каспер сложил полномочия правящего епископа Роттенбург-Штутгартского диоцеза и перешёл на служение в Римскую курию. 31 октября того же года участвовал в подписании «Совместной декларации относительно учения об оправдании», состоявшейся в лютеранском храме св. Анны в Аугсбурге. 21 февраля 2001 г. папа Иоанн Павел II возвёл В. Каспера в достоинство кардинала-диакона, пожаловав ему диаконию Всех святых на Новой Аппиевой дороге (Omnium Sanctorum in via Appia Nova). 3 марта того же года, после ухода на покой кардинала Эдуарда Кассиди, папа назначил В. Каспера председателем папского совета по содействию христианскому единству, а также председателем комиссии по религиозным отношениям с иудаизмом. Как председатель совета В. Каспер стал членом управляющего совета Католического комитета по культурному сотрудничеству с православной церковью и с Древними Восточными (дохалкидонскими) церквами (Comitatto Cattolico per la collaborazione culturale con le Chiese Ortodosse e le Chiese Ortodosse Orientali). После выпуска декларации Конгрегации вероучения «Dominus Iesus» от 6 августа 2000 г., в которой утверждалась единственность истинной церкви и её тождественность Римско-католической церкви, в апреле 2001 г. в издаваемом иезуитами журнале «America» В. Каспер опубликовал статью «О Церкви: дружеский ответ кардиналу Ратцингеру». В статье содержалась критика декларации и призыв к переосмыслению централистской экклезиологии католической церкви в пользу признания большей автономии местных церквей. В. Каспер выступил как сторонник создания новой экклезиологии, за основу которой будет взята история древней церкви, интерпретируемая на основе Священного Писания. Данная позиция В. Каспера вызвала обвинения оппонентов в историческом релятивизме и в протестантской тенденции относительно трактовки Священного Писания.