В 1602 г. Карл IX Ваза всё же опубликовал новый устав с богослужебными текстами. При этом формально указывалось, что устав предназначен для использования только при дворе, а не по всей стране. Архиепископ Олаус Мартини написал ответ Карлу IX Вазе, в котором называл его сочинение бесполезным, вредоносным и кальвинистским из-за того, что регент отрицал вездесущность Бога и присутствие Христа во время богослужения. Архиепископ также отстаивал исключительное право духовенства на изменение богослужебных и вероучительных текстов. В 1604 г. Карл IX Ваза издал «Книгу доказательства» («Bevisbok»), в которой, цитируя Мартина Лютера и Филиппа Меланхтона, вновь попытался опровергнуть догмат о вездесущности Бога. В ответ архиепископ немедленно опубликовал сочинение, где соглашался с идеей трактовки Священного Писания через учение лютеранских богословов, но подчёркивал неверные истолкования и кальвинистское влияние в тексте Карла IX Вазы. В декабре 1604 г. Карл IX Ваза отверг обвинения архиепископа Олауса Мартини в письме народу, а два года спустя издал его в расширенном и дополненном виде как отдельный трактат. В ноябре 1604 г. появился анонимный катехизис, который отличался от распространённого «Малого катехизиса» Мартина Лютера, известного на шведском языке с 1537 г., и был создан под влиянием Гейдельбергского и Эмденского катехизисов. Карл IX Ваза вскоре признал, что он является автором катехизиса, и вновь архиепископ критиковал его текст. Ещё в 1602 г. Карл Ваза внёс в резолюции риксдага положение о необходимости переработки мессы, причём пересмотр литургических текстов поручался не только духовенству, но и мирянам. Однако оговаривалось, что изменения не затронут ни таинств, ни основных догматов вероучения. Таким образом, победа короля была весьма относительной. Лютеранское духовенство не спешило приступить к работе, несмотря на голосование риксдага. В 1608 г. Карл IX Ваза потребовал немедленного ответа, и архиепископ Олаус Мартини, избегая прямого отказа, согласился продолжить пересмотр литургии при условии, что этим будет заниматься исключительно духовенство. Король принял это условие, но полученный результат настолько противоречил его ожиданиям, что Карл IX Ваза отказался его обнародовать. В 1607 г. Карл IX Ваза выпустил памфлет на тему евхаристии. Конфликт между королём и церковью достиг такой степени, что Карл IX Ваза даже пригрозил отречься от престола. В 1608 г. он обвинил духовенство в тайной приверженности католицизму, поскольку оно отказывалось отменить многие старые церковные праздники. Только ухудшавшееся состояние здоровья (Карл IX Ваза перенёс удар) заставило его отказаться от вмешательства в дела церкви. В 1611 г., после его смерти, лютеранское духовенство выдвинуло на рассмотрение риксдага в Нючёпинге не принятый Карлом IX Вазой вариант мессы. В 1614 г. была введена новая версия мессы. В 1607–1608 гг. Карл IX Ваза включил в законодательство правовые нормы «закона Моисеева», что подразумевало смертную казнь за прелюбодеяние, непослушание родителям и другие грехи. В 1600 гг. при поддержке Карла IX Вазы протестантские миссионеры активно проповедовали среди колонизируемых финнов и лапландцев (саамов), поскольку король провозгласил, что «все необработанные земли принадлежат нам, Богу и короне».