В целом религиозные взгляды Карла IX Вазы были достаточно эклектичными, неизменными оставались только вера в высший авторитет Священного Писания и неприятие Римско-католической церкви. Конфликту Карла IX Вазы с лютеранским духовенством во время его правления предшествовал период, когда он содействовал укреплению позиций лютеран в Швеции. При его поддержке в 1587 г. было принято первое строго лютеранское исповедание веры («Confessio Strengnensis») и проведено Уппсальское собрание в 1593 г. Считая католицизм главной угрозой для Швеции, Карл IX Ваза согласился на предложение епископов ввести «Аугсбургское исповедание веры». На риксдагах 1602, 1604 и 1607 гг. он упорно отказывался лично принять «Аугсбургское исповедание», несмотря на обращения лютеранского духовенства. К моменту коронации в 1607 г. Карл IX Ваза принимал «Аугсбургское исповедание» «лишь настолько, насколько оно соответствует Священному Писанию». Как регент и король Карл IX Ваза стремился получить неограниченную власть над церковью, вмешиваясь в избрание епископов вопреки установлениям 1571 г. и пытаясь контролировать распределение бенефициев. В 1606 г. издал ордонанс, не позволявший епископам самостоятельно назначать бенефициаров. В следующем году Карл IX Ваза предложил создать назначаемый королём центральный церковный совет, куда вошли бы и миряне, для рассмотрения духовных вопросов и национальный «consilium», в ведение которого передавались бы «все важные дела, касающиеся религии». Это заменило бы юридическую власть епископа в диоцезе и прежнее устройство церкви новой структурой, подчинённой королю. Однако начинание Карла IX Ваза не было реализовано. В 1596 г. Абрахам Ангерманнус, четвёртый лютеранский архиепископ Уппсалы (1593–1599 гг.), жестоко преследовал католиков в своём диоцезе и едва не стал жертвой крестьянского восстания. Он также спровоцировал первые процессы над ведьмами и колдунами в Швеции, хотя в это время смертных приговоров не было. В 1599 г. Карл IX Ваза отдал Абрахама Ангерманнуса под суд за пренебрежение обязанностями архиепископа, несмотря на его уверения в невиновности. Абрахам Ангерманнус находился в заключении до смерти в 1607 г. Новым архиепископом Уппсалы стал Олаус Мартини (1601–1609 гг.), который критиковал короля Юхана за его склонность к католицизму. Хотя герцог утвердил его кандидатуру, Олаус Мартини критиковал и Карла IX Вазу за его кальвинистские взгляды. В 1606 г. архиепископ издал полемический трактат, в котором с позиций ортодоксального лютеранина обличал и католиков, и кальвинистов. С 1595 г. Карл IX Ваза пытался ввести свою версию церковного устава, требуя переработки молитвенника и богослужебных текстов. В 1600 г. он вынес на рассмотрение риксдага в Линчёпинге написанный им устав, однако против его варианта выступили архиепископ Олаус Мартини, богослов Лаврентий Паулин Готус, Иоанн (Йоханнес, Юханес) Рудбек вместе с Абрахамом Ангерманнусом. Лютеранское духовенство увидело в предложенном тексте очевидное влияние кальвинизма. Карлу IX Вазе удалось добиться того, чтобы в резолюцию сословий внесли положение о рассмотрении новой версии на следующем риксдаге, но 126 представителей духовенства выразили протест против этого решения.