В 1524 г. В.Ф. Капито был избран паствой церкви Юнг-Санкт-Петеркирхе на должность пастора. В том же году женился на Агнес Рёттель, дочери городского советника; после её смерти в 1532 г. женился на Вибрандис Розенблатт. В.Ф. Капито поддерживал постоянную переписку с лидером протестантской общины Цюриха Ульрихом Цвингли, разделяя многие его богословские взгляды. Осуждая анабаптистов, которые вели активную проповедническую деятельность в Страсбурге и его окрестностях, В.Ф. Капито защищал практику крещения младенцев. Однако он не был сторонником силовой борьбы с «сектантами»: когда с согласия Ульриха Цвингли был утоплен лидер анабаптистов Феликс Манц (ум. в 1527 г.), В.Ф. Капито выразил обеспокоенность, обратив внимание на то обстоятельство, что смерть Феликса Манца привела к тому, что еретик воспринимается как мученик за веру. В.Ф. Капито считал изгнание достаточным наказанием за ересь; в 1520 гг. он в отличие от Мартина Буцера призывал к терпимости по отношению к анабаптистам в Страсбурге, однако после 1532 г. занял более жёсткую позицию и считал, что городские власти должны активно бороться с «сектантами». С 1525 г. В.Ф. Капито и другие протестантские проповедники Страсбурга добивались от властей Базеля запрещения католической мессы; после многочисленных просьб В.Ф. Капито и долгих переговоров соответствующее решение было принято городским советом в 1529 г. В октябре того же года В.Ф. Капито был приглашён на Марбургский диспут, в ходе которого была предпринята неудачная попытка сблизить точки зрения Мартина Лютера и Ульриха Цвингли по вопросу о смысле таинства евхаристии, однако В.Ф. Капито не смог присутствовать в Марбурге из-за болезни. Его взгляд на евхаристию первоначально был очень близок к учению Ульриха Цвингли, однако впоследствии он перешёл на компромиссную позицию Мартина Буцера: оставаясь противником учения о пресуществлении, В.Ф. Капито в 1530 гг. принял концепцию реального присутствия Христа в евхаристии, что способствовало его сближению с лютеранами. В ходе Аугсбургского рейхстага (1530 г.) лютеранами было оглашено составленное Филиппом Меланхтоном «Аугсбургское исповедание»; Ульрих Цвингли также составил исповедание веры цюрихской протестантской общины. Желая подчеркнуть собственную религиозную независимость и вместе с тем обозначить возможность компромисса между религиозными взглядами Мартина Лютера и Ульриха Цвингли, В.Ф. Капито и другие страсбургские реформаторы, в том числе Мартин Буцер, Якоб Штурм (1489–1553 гг.), Матис Пфаррер (1489–1568 гг.), составили «Тетраполитанское исповедание» («Confessio Tetrapolitana»), названное так вследствие того, что оно являлось исповеданием веры четырёх городов: Страсбурга, Констанца, Меммингена и Линдау.