Во время пребывания в Базеле В.Ф. Капито вступил в переписку с Мартином Лютером (1483–1546 гг.), в ходе которой, в частности, советовал тому быть более дипломатичным в критике католической церкви; ссылаясь на Деян. 23:6, призывал следовать примеру апостола Павла в уклончивости формулировок. В 1518 г. В.Ф. Капито подготовил первое печатное собрание латинских трактатов Мартина Лютера, в состав которого входили: «95 тезисов» Мартина Лютера с его обоснованием их содержания, адресованным папе Римскому Льву X (1513–1521 гг.); направленный против Мартина Лютера «Диалог» («Dialogus») Сильвестра Приератиса (ум. в 1523 г.) и ответ на него Мартина Лютера; проповеди Мартина Лютера «О покаянии», «Об индульгенциях» и «О силе отлучения»; направленные против Иоганна Экка тезисы Андреаса Рудольфа Карлштадта (1486–1541 гг.) и некоторые другие сочинения. В.Ф. Капито убедил базельского книгоиздателя Иоганна Фробена (ум. в 1527 г.) опубликовать собрание. В конце 1510 гг. наличие общих гуманистических и богословских интересов способствовало началу переписки В.Ф. Капито с Филиппом Меланхтоном (1497–1560 гг.), Ульрихом Цвингли (1484–1531 гг.), Мартином Буцером (1491–1551 гг.). В 1520 г. Майнцский архиепископ Альберт Бранденбургский (1514–1545 гг.) по протекции немецкого гуманиста Ульриха фон Гуттена (1488–1523 гг.) предложил В.Ф. Капито должность соборного проповедника, канцлера архиепископства и личного помощника. При дворе архиепископа Альберта В.Ф. Капито выступал в роли миротворца, стараясь не допустить открытых враждебных действий архиепископа по отношению к Мартину Лютеру. В 1521 г., когда Мартин Лютер скрывался в замке Вартбург после Вормсского рейхстага, В.Ф. Капито посетил Виттенберг, где встретился с Филиппом Меланхтоном и предотвратил публикацию памфлета Мартина Лютера против архиепископа Альберта как продавца индульгенций, всё ещё надеясь добиться взаимопонимания между Мартином Лютером и архиепископом Альбертом. В марте 1522 г. В.Ф. Капито ещё раз посетил Виттенберг и встретился с Мартином Лютером, заверив его в своей расположенности к нему. В результате общения с Мартином Лютером, Филиппом Меланхтоном и другими сторонниками церковных реформ В.Ф. Капито стал проявлять интерес к их религиозным идеям и начал постепенно склоняться на сторону Реформации. В 1523 г. В.Ф. Капито отказался от должностей при дворе архиепископа Альберта и принял решение переселиться в Страсбург, главным образом, для защиты своих прав на бенефиций в страсбургской Томаскирхе, который был важным источником его доходов. 7 июля 1523 г. он купил гражданские права и стал полноправным жителем этого имперского города. Вскоре после прибытия в Страсбург В.Ф. Капито окончательно порвал с католической церковью и совместно с Мартином Буцером, Маттеусом Целлем (1477–1548 гг.) и Каспаром Гедионом (ум. в 1552 г.) стал заниматься церковными реформами.