Из предания, зафиксированного в «Проскинитарии Святой Горы Афонской» Иоанна Комнина (Яссы, 1701 г.), исследователям известно, что Петру Рареш послал на Афон протоспафария Петру следить за ходом восстановительных работ в монастыре. Однако протоспафарий построил только башню арсанаса и присвоил себе оставшиеся деньги. Когда господарь узнал об этом и разгневался, протоспафарий во избежание наказания поклялся отстроить монастырь за собственные деньги. Петру Рареш простил его, и оба приняли в Каракале постриг с одинаковым именем Пахомий. По другому афонскому преданию, с именем Пахомий принял постриг в Дохиаре господарь Александру Лэпушняну. Однако, по мнению исследователей, это предание не соответствует действительности: Александру стал монахом с именем Паисий накануне смерти, скончался в Молдавии и был похоронен в Слатине. По мнению П. Нэстурела, валашский господарь Влад IV Монах, также постригшийся с именем Пахомий, мог стать прототипом легендарного господаря-ктитора, ушедшего в монастырь в конце жизни. В 1536 г. благодаря стараниям Петру Рареша султан Сулейман I Великолепный выдал фирман на восстановление монастыря. В фирмане указывалось, что молдавские господари традиционно покровительствовали Каракалу, и им разрешается и теперь восстановить обитель в её прежнем виде, не возводя новых, ранее не существовавших построек. К 1548 г. относится разрешение на строительство кафоликона (соборного храма), который был завершён к 1563 г. После принятого в 1568 г. Селимом II решения о конфискации монастырских владений святогорцев посланец султана Мустафа Челеби в 1568/1569 г. прибыл для распродажи изъятого. По просьбе каракальских монахов Роксандра (дочь господаря Петру Рареша и супруга Александру Лэпушняну) выкупила конфискованные турками подворья Каракала и передала обители ещё 35 тыс. аспр на своё вечное поминовение шесть раз в год. Впоследствии Каракал, по мнению исследователей, также получал доходы от монастыря Трёх святителей в Яссах, пожалованного в 1641 г. молдавским господарем Василие Лупу в совместное владение афонским монастырям. В Типиконе 1574 г. Константинопольского патриарха Иеремии II Каракал занимал одиннадцатое место, которое он сохраняет до настоящего времени. В 1584 г. Иван IV Васильевич Грозный после смерти царевича Ивана Ивановича отправил на Афон милостыню с Иваном Мешениным, из которой 50 каракальским монахам было передано 100 руб., а 27 скитникам – 7 руб. 10 алтын (Российский государственный архив древних актов). В XVII в. значительную экономическую помощь Каракалу оказали грузинский царь Арчил II и его брат Вахтанг. Прибывшие в 1674 г. в Грузию каракальский проигумен Гавриил с иеромонахами Зосимой и Малахией получили от Вахтанга 1000 гроссов на ремонт купола собора, а от католикоса Грузии Доментия III – 300 гроссов на реставрацию кладбищенской церкви во имя Николая Чудотворца. Оттиски печатей монастыря Каракал стоят на грамотах святогорцев о пожаловании милостыни, обращённых к царю Михаилу Фёдоровичу в 1626 г. (Российский государственный архив древних актов) и к Московскому патриарху Иоасафу в 1669 г. (Исторический музей). В XVII–XVIII вв. монастырь переживал расцвет.