Исследователи полагают, что на формирование состава Каноника оказывали воздействие ежедневные молебны и молебны в связи с разными нуждами. В XVI–XVII вв. во время совершения ежедневных молебнов пелись каноны в зависимости от дня недели и памяти рядового святого. Эти правила отражены во многих славянских памятниках, включая списки Каноников, например, в рукописи Российской государственной библиотеки. Однако репертуар канонов для молебнов был шире, чем для келейного правила на повечерии. Это обусловило расширение состава многих Каноников за счёт канонов в честь праздников и святых, а также канонов на различные нужды (о болящем, на бездождие и др.) и молебные действа (на Новое лето, о Страшном Суде см.: Российская государственная библиотека, Канонник XVII в.). Значительное число канонов на различные нужды вместе со священническими молитвами включено в рукопись Исторического музея, которая определена как Каноник, хотя по содержанию более близка к Требнику. Ещё одним фактором, повлиявшим на структуру Каноника, было формирование практики чтения так называемого трёхканонника на повечерии (в рамках келейной молитвы), состоящего из канонов Спасителю, Пресвятой Богородице и ангелу-хранителю. Эта структура из трёх канонов стала восприниматься как основа келейного правила, к которой могут прибавляться седмичные каноны. Стремление выделить эти три канона в отдельный блок исследователи видят в структуре ряда списков и изданий Каноника (СПб., 1900 г.; М., 1993 г.). Состав Каноника может сужаться до нескольких последований. Примером тому служат некоторые старообрядческие и синодальные издания Каноника. Так, Каноник, опубликованный в 1790 г. в Гродно, включает скитское покаяние, каноны на исход души, «за единоумершего», за умерших, за болящих, Богородице Одигитрии, святителю Николаю и чин 12 псалмов. В Канонике на якутском языке (например, в изданиях: М., 1858 г.; Казань, 1883 г.) число канонов сведено до трёх – Спасителю, Пресвятой Богородице и ангелу-хранителю, а от седмичного цикла оставлен лишь воскресный канон в первой части книги. В состав Каноника часто входят различные дополнения. Некоторые включаются регулярно и могут считаться одной из его частей, т.к. имеют прямое отношение к келейной молитве: это службы суточного круга (повечерие и полунощница), указ о келейном правиле («Подобает ведати, како начати правило своё в келии»), келейные молитвенные последования (от осквернения, вечерние (так называемые спальные), к причащению и благодарственные молитвы после причащения, молитвы утренние). Каноник может носить названия «Большой Канонник» (М., 7420 г.), «Канонник малый» (например, изданный в Почаеве (без указания года издания), содержащий каноны Спасителю, Кресту, Богородице Одигитрии, святителю Николаю и Пасхи). Названия не влияют на состав книги, а подчёркивают её особенности, большой и малый Каноник в других изданиях с тем же набором канонов могут быть названы «Канонник». Синодальное издание «Правило молитвенное готовящимся ко Святому Причащению» (М., 1893 г.) является стандартным Каноником, поскольку имеет обычный для этой книги состав канонов с прибавлениями. Современные издания Каноника обычно зависят от тех дореволюционных изданий, которые использовались для репринтного или наборного воспроизведения этой книги. Новым опытом издания является Каноник, выпущенный в 2012 г. Издательством Московской патриархии РПЦ. Его состав был упорядочен и значительно расширен с привлечением рукописных Каноников.