После 1764 г., при настоятеле игумене Иларионе, монастырь был оставлен за штатом. В июле 1774 г., во время Пугачёвского восстания, Казанский монастырь подвергся разграблению. Частая смена настоятелей в конце XVIII – первой половине XIX в. также не способствовала благополучию обители. С 16 июля 1806 г. Казанский монастырь возглавлял игумен Арсений (ум. около 1830 г.), впоследствии настоятель казанского Кизического мужского монастыря, благочинный казанских монастырей. В 1818 г. по поручению Синода игумен Арсений был направлен в Казанский монастырь для освидетельствования имущества. С 18 ноября 1820 г. в Казанском монастыре настоятельствовал игумен Анастасий, с 17 февраля 1821 г. – игумен Никанор, впоследствии проживавший на покое в Седмиезерной пустыни, с 22 октября 1823 г. – игумен Иоасаф, с 17 января 1826 г. – игумен Иннокентий, затем возглавлявший Кизическую обитель, с 26 апреля 1829 г. – игумен Аркадий, с 15 марта 1830 г. – игумен Савва, с 19 августа 1830 г. – игумен Елевферий, с 23 мая 1831 г. – игумен Гедеон. Исследователям известно, что в день памяти великомученика Феодора на братской трапезе дозволялись спиртные напитки – херес, портвейн, рябиновые настойки, закупались также сушёная сельдь, паюсная и щучья икра, сёмга, судак, осетрина (для пирога), сыр, оливки, «капарцы», лимоны (Национальный архив Республики Татарстан). После городского пожара (июнь 1842 г.) в 1843–1855 гг. Казанский монастырь был приписан к казанскому во имя св. Иоанна Предтечи мужскому монастырю, в 1855–1900 гг. – к казанскому Преображенскому монастырю. В 1889 г. близ обители была устроена богадельня для престарелых казанских иеромонахов и священнослужителей. В 1891 г. при Казанском монастыре открылась церковноприходская школа с приютом для мальчиков-сирот. По проекту архитектора С. Тынкасова для школы выстроили отдельный двухэтажный дом. Исследователям известно, что 12 декабря 1887 г. на Фёдоровском бугре, у стен обители, совершил попытку самоубийства Алексей Максимович Пешков (Максим Горький). Юноша собирался выстрелить в грудь из пистолета, но пуля лишь пробила левое плечо. Раненого юношу спас монастырский сторож М. Юнусов. Указом Синода от 23 сентября 1900 г. Казанский монастырь был преобразован в женский общежительный монастырь и 12 ноября 1900 г. вновь освящён архиепископом Казанским и Свияжским Арсением (Брянцевым). Обитель возглавляла игуменья Иоанна, с 1906 г. – постриженица казанского Богородицкого монастыря монахиня (Анфия (Бакакина; с 1907 г. – игуменья), затем – игуменья Ангелина (Алексеева). К 1910 г. в монастыре проживали игуменья Людмила, две монахини, 63 послушницы, священник и псаломщик. Насельницы занимались, в основном, белошвейным ремеслом, а также работали на епархиальном свечном заводе, расположенном в обители. Сёстры поддерживали тесную связь с находящимся неподалёку казанским Богородицким женским монастырём, часто переходили из одного монастыря в другой. Некоторое время в Казанском монастыре служили священник Василий Дмитриевич Богоявленский (архиепископ Черниговский Василий), священник П.А. Грачёв, репрессированный в 1930 гг. В начале XVII в. в Казанском монастыре была построена деревянная церковь во имя Святой Троицы. Исследователи полагают, что храм неоднократно горел. В 1700 г. в Казанском монастыре был построен каменный Свято-Троицкий собор, представлявший собой небольшой двухсветный кубовидный храм, слегка вытянутый в ширину, с трёхчастной апсидой.