Во втором разделе излагается учение о корневых аффектах сознания (клеши), которые являются основным препятствием на пути к «освобождению», и о карме (как о реализации этих корневых аффектов), а также четырёхчастная модель учения: страдания, причина страдания, избавление от него и средства этого избавления, – очень близкая к четырём «благородным истинам» в буддизме. В том же разделе изложены пять ступеней восьмеричного тренинга йоги: воздержание от страстей, культивирование духовной дисциплины, положений тела, дыхательных упражнений и освобождение чувств от воздействия внешних объектов. В третьем разделе рассматриваются три высшие стадии йогического тренинга, именуемые «внутренней йогой» или «концентрацией»: удержание сознания в одной точке, ступень чистого созерцания (дхьяна) и конечное «растворение» созерцающего в созерцаемом (самадхи) с различением двух стадий последнего – предварительной («с семенами») и высшей («бессеменной»). При этом «бессеменное» «растворение» так же соотносится со всеми тремя стадиями «концентрации» (включая и «растворение с семенами»), как та – с пятью первыми стадиями «восьмичленной йоги». Основное содержание этого раздела составляет перечисление оккультных «сверхсил», которые рекомендуется приобретать, по-разному применяя всё ту же «концентрацию» к различным объектным сферам микро- и макрокосма. Первым из результатов этого применения названо познание звуков, издаваемых всеми живыми существами, последним – непосредственное восприятие различий даже между двумя атомами. В последнем, четвёртом разделе рассматриваются происхождение «сверхспособностей», карма и её механизм – латентные «следы» совершённых действий. Патанджали, настаивая на объективности внешних вещей, полемизирует с буддийскими идеалистами-йогинами, отрицающими эту объективность. Основные аргументы составителя йоги – сопоставление самотождественности экстраментального объекта и различия в содержаниях воспринимающих его сознаний, а также неизбежность регресса в бесконечность при допущении того, что только одни содержания сознания воспринимаются другими содержаниями сознания. Текст завершается характеристиками конечного «освобождения» пуруши. О формировании собственно философской доктрины йоги речь может идти только начиная с комментаторского периода, когда Вьяса cоставляет нормативное теоретическое толкование к сутрам (поднимая и те проблемы, которые не обнаруживаются у сутракарина). «Энциклопедист» Вачаспати Мишра комментирует толкование Вьясы в «Таттвавайшаради» (IX в.), а позднее царь Бходжа (около X в.) пишет новый комментарий к сутрам – «Раджамартанду», также опираясь на текст Вьясы. Среди основных отличий философского наследия йоги от философии санкхьи исследователи выделяют: введение концепции менталитета (читты), в известном смысле объединяющего функции различаемых в санкхье компонентов «внутреннего инструментария» – интеллекта (буддхи), эгоизма (аханкары) и ума (манаса); этот менталитет рассматривается на различных уровнях активности; иную типологизацию состояний сознания, в которой главное место занимают основные, «корневые» аффекты, определяющие сансарное существование индивида, – клеши; признание божества Ишвары, который является «первым среди равных» духовных субъектов-пуруш, отличным от остальных неподверженностью кармическим аффектам и их результатам, а также способностью быть носителем «семени всеведения» и объектом медитации и почитания для адепта-йогина.