В 1852 г. был обнародован закон о разделении Греческого королевства на 24 епархии. Афинская епархия была возведена в степень митрополии, девять епархий – в степень архиепископий, а остальные – епископий. Русская православная церковь оказывала различную братскую помощь Элладской церкви на всём протяжении освободительного движения греческого народа за свободу и независимость. Особое значение в этом сотрудничестве имели усилия Русской церкви по развитию религиозного и богословского образования в Элладе. Плодотворные канонические отношения между Русской и Элладской церквами после 1850 г. продолжались до 1917 г. и возродились после окончания Второй мировой войны. В 1923 г. был созван Собор Элладской православной церкви, решения которого несколько изменили устройство церкви: вместо митрополита стал архиепископ, светским лицам было разрешено заседать в Синоде и т.п. В 1920 гг. в результате проведения реформы богослужебного календаря в Элладской православной церкви возник раскол. Несогласные с реформой отошли от церкви и стали называться старостильниками, а их структуры – старостильными общинами или церквами. Элладская православная церковь внесла большой вклад в развитие православного богословия. Среди выдающихся церковных учёных Эллады исследователи называют иеромонаха Феоклита Фармакидиса (1784–1860 гг.), Константина Экономоса (1780–1857 гг.), Неофитаса Вамваса (1776–1855 гг.), Никифора Калогераса (1835–1896 гг.). С 1998 г. Элладскую православную церковь возглавлял архиепископ Афинский и всея Греции Христодул (1939–2008 гг.), который скончался 28 января 2008 г., а 7 февраля 2008 г. в Благовещенском кафедральном соборе г. Афины при участии митрополитов Элладской автокефальной церкви и министра национального образования и культов новым предстоятелем был избран митрополит Фивейский и Левадийский Иероним (Иоаннис Лиапис, род. в 1938 г.). До избрания он состоял членом синодальных комиссий: стипендиальной, по церковному образованию, по церковной собственности, по связям церкви и государства, исполнял обязанности помощника главного редактора радиостанции Элладской церкви. Иероним – автор многих трудов по богословской, социальной и исторической тематике, почётный доктор медицинского факультета университета Крайова (Румыния) и президент Греческого кардиологического общества. За книгу «Средневековые памятники Эвбеи» он был в 1970 г. награждён премией Афинской академии наук. В настоящее время высшей церковной властью является Священный собор иерархов, состоящий из всех правящих архиереев. Постоянный Священный синод является органом, представляющим Священный собор, и в промежутках между сессиями выполняет его функции. В систему церковной организации входят также Генеральная церковная ассамблея, Центральный церковный совет, синодальная администрация, синодальные суды, канцелярия Священного синода и другие церковные организации. В составе Элладской православной церкви 81 епархия, причём 49 епархий (на севере страны) формально находятся под юрисдикцией Константинопольской православной церкви, хотя и представлены в синоде Элладской православной церкви. Численность приверженцев Элладской православной церкви составляет 9 млн. 25 тыс. человек. В настоящее время в Греции насчитывается около 170 мужских и 130 женских монастырей. Церковь получает доходы от монастырского имущества и приходских храмов, от различных церковных делопроизводств, завещаний и пожертвований, от государства. Греческая православная диаспора находится под юрисдикцией Константинопольского патриархата. Согласно Конституции Греции, Элладская православная церковь является официально признанной церковью в государстве, однако с 2000 г. греческое правительство проводит политику отделения церкви от государства.