В связи с обвинениями в противодействии изъятию церковных ценностей и сопротивлении обновленцам в 1922–1923 гг. были заключены в тюрьмы или отправлены в ссылку 66 архиереев – до половины их общего числа. Главный удар в ходе кампании по изъятию церковных ценностей власти направили на православную церковь как на самую многочисленную и представлявшуюся советско-партийному руководству наиболее влиятельной и опасной конфессию. При этом власти стремились подчеркнуть, что изъятие ценностей затрагивает все конфессии без исключений. Так, Л.Д. Троцкий требовал «тщательнейшего изъятия» ценностей из московских синагог. В Москве 4 апреля 1922 г. разграблению подверглись 43 православные церкви, Новодевичий и Донской монастыри, а также римско-католический костёл и две старообрядческие церкви. На следующий день в числе 56 московских храмов, где прошли изъятия, оказались армянская, греческая, две русские старообрядческие церкви, а также евангелический молельный дом и синагога. В ряде регионов изъятие ценностей затронуло значительное количество неправославных храмов. Прежде всего, это относилось к Белоруссии, где многочисленное польское население принадлежало к Римско-католической церкви. Как и православные, католики пытались противодействовать изъятию ценностей из своих храмов и также становились жертвами репрессий. В мае 1922 г. в Минске был организован судебный процесс над польскими священниками, что, по мнению властей, имело большое пропагандистское значение, показывало их «объективность» по отношению ко всем конфессиям. В то же время в западных губерниях Центральной КИЦЦ предписывалось проводить изъятие ценностей в следующем порядке: в первую очередь – из синагог, во вторую – из православных храмов, в третью – из католических костёлов. В 1923 г. в Москве состоялся новый процесс над католическими священниками во главе с архиепископом Иоанном (Яном) Цепляком. Архиепископ Иоанн и настоятель католического прихода в Петрограде прелат Константин Будкевич были приговорены к смертной казни. После вмешательства международной общественности архиепископу Иоанну казнь заменили высылкой из страны, прелат Константин Будкевич был расстрелян. Нередко при проведении кампании по изъятию церковных ценностей на местах сказывались национальные и конфессиональные особенности регионов. В ряде советских республик определяющее значение имела особая позиция местных властей. Так, Совнарком Армении прислал в Москву сообщение, что изъятие церковных ценностей в республике «по местным условиям произвести невозможно». С аналогичным заявлением выступил и Дагестанский комитет РКП(б). Свои требования по организации изъятия церковных ценностей выдвигал Всеукраинский ЦИК, что в целом смягчило проведение антицерковной кампании на Украине.