Нередки были приговоры к смертной казни. Процессы продолжались и в дальнейшем, будучи тесно связанными с делами по обвинению в оказании противодействия захвату власти в епархиях обновленцами. Заседания революционных трибуналов проходили в Cмоленске, Ростове-на-Дону, Туле, Витебске, Череповце, Чебоксарах, Рыбинске, Костроме, Астрахани, Гомеле, Житомире, Ярославле, Полтаве, Екатеринбурге, Новочеркасске, Вятке и других городах. На местных процессах наряду с обвинениями против епархиальных властей выдвигались обвинения и против патриарха Тихона, всего священноначалия Русской церкви, представляемой как «контрреволюционная, преступная организация». По делу о беспорядках при изъятии церковных ценностей в Старой Руссе были приговорены к смертной казни священники В. Пылаев и В. Орлов (позднее помилованы), архиепископ Арсений (Стадницкий) и епископ Димитрий (Сперовский) привлечены к уголовной ответственности и арестованы. За «агитацию и будирование масс против сдачи церковных ценностей» были осуждены Владимирский митрополит Сергий (Страгородский; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) и его викарий Ковровский епископ Афанасий (Сахаров). Митрополит Сергий после признания им обновленческого Высшего церковного управления был освобождён, а епископ Афанасий отправлен в ссылку. Был арестован и дважды приговаривался к расстрелу управляющий Томской епархией Барнаульский епископ Виктор (Богоявленский), но помилован ВЦИК с заменой смертного приговора десятью годами тюремного заключения. Донской ревтрибунал приговорил к смертной казни Ростовского епископа Арсения (Смоленца), затем в связи с амнистией мера наказания была заменена десятью годами заключения. В Царицыне был казнён викарий Донской епархии Нижнечирский епископ Николай (Орлов; по другим сведениям, умер в тюрьме). В декабре 1922 г. состоялся «второй этап» Московского процесса, по которому проходило больше сотни обвиняемых. Суды над причастными к сопротивлению изъятию церковных ценностей продолжались и в дальнейшем. В апреле 1923 г. в Краснодаре был устроен показательный процесс о «противодействии изъятию церковных ценностей» над Ейским епископом Евсевием (Рождественским). Общее число привлечённых к «церковным делам» в этот период, по разным данным, составляло около 10 тыс. человек. Исследователи считают, что в период проведения кампании погибло более 2 тыс. человек. Тяжёлый удар был нанесён в ходе репрессий по епископату РПЦ.