Генуя была отлучена от церкви после того, как город оказал поддержку арагонской части бывшего Королевства обеих Сицилий (папы Мартин IV и Гонорий IV не признали арагонских королей Сицилии и предоставили военную и политическую помощь Карлу Анжуйскому). В том же году Иаков из Варацце был избран новым архиепископом Генуи, однако отказался от должности. В течение двух лет кафедра оставалась вакантной, а в 1288 г. её занял латинский патриарх Антиохии (после захвата Антиохии мамлюками в 1268 г. находился в изгнании) Обиццо Фьески, после смерти которого в 1292 г. Иаков из Варацце был рукоположён во архиепископа Генуи. О своей религиозной и политико-административной деятельности в 1292–1297 гг. Иаков из Варацце упоминает в «Хронике города Генуи». Он созвал Собор, на котором была подтверждена подлинность мощей св. Сира, одного из первых епископов Генуи (IV в.), реорганизовал управление архиепископством, добился заключения гражданского мира между генуэзскими гвельфами и гибеллинами (зимой 1294/1295 гг. состоялось официальное примирение враждующих городских группировок, однако уже к концу года столкновения возобновились). Из-за беспорядков вспыхнул пожар в соборе св. Лаврентия, на ремонт которого Иаков из Варацце получил деньги из Римской курии (июнь 1296 г.). Одновременно в течение нескольких месяцев архиепископ вёл переговоры о продлении перемирия с Венецией и с этой целью в апреле 1295 г. прибыл в Римскую курию. Иаков из Варацце был похоронен в Генуе, сначала в доминиканском монастыре в церкви Сан-Доменико, а в конце XVIII в. перезахоронен в церкви Санта-Мария ди Кастелло. Папа Пий VII беатифицировал Иакова из Варацце в 1816 г. В 1974 г. мощи Иакова из Варацце были перенесены в Варацце, с того времени они хранятся в церкви Сан-Доменико. Сочинения Иакова из Варацце перечислены в «Хронике города Генуи»: «Легенды о святых» (более известные как «Золотая легенда»), три сборника проповедей: о всех святых (сохранилось больше 300 рукописей), о воскресных евангельских чтениях (сохранилось больше 350 рукописей), о евангельских чтениях Великого поста (сохранилось около 300 рукописей), а также «Книга о Пресвятой Богородице» (сохранилось около 70 рукописей) и «Хроника города Генуи от основания города до 1297 г.» (сохранилось 44 рукописи). Исследователи дополняют этот список рядом агиографических сочинений, о которых Иаков из Варацце не упоминает. Речь идёт о св. местах и покровителях Генуэзского архиепископства (Житие св. Сира Генуэзского, повествование о перенесении мощей Иоанна Крестителя в Геную, история мощей, хранящихся в монастыре святых Филиппа и Иакова в Генуе, и др.). С 1260 гг. Иаков из Варацце работал над «Золотой легендой», сборником Житий святых и праздничных чтений, расположенных согласно литургическому календарю. После окончания первой редакции (1267 г.) автор неоднократно перерабатывал текст. Изначально задуманное как справочник для проповедников, в ходе редактирования сочинение всё больше превращалось в книгу для благочестивого чтения образованными людьми.