Поводом для ареста стало предложение Игнатия к пастве обратиться во ВЦИК с просьбой об облегчении участи голодавших семей священнослужителей. На деле ОГПУ считало нужным «изолировать Садковских... которые в связи с проведением кампании по закрытию церквей своим местопребыванием... имеют большое влияние на верующих». На следствии Игнатий отверг все предъявленные ему обвинения в контрреволюционной деятельности, потребовав вызвать на очную ставку оклеветавших его обновленцев. 3 февраля 1930 г. приговорён особым совещанием при Коллегии ОГПУ к трём годам исправительно-трудовых лагерей. Отбывал заключение в Усть-Вымском лагере. Досрочно освобождён по состоянию здоровья в июне 1932 г. Проживал в Туле. В начале 1933 г. прибыл в Москву и 3 февраля получил от Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского, впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) назначение быть епископом Скопинским. Стал викарием Рязанской епархии, которой управлял архиепископ Иувеналий (Масловский). 17 июня 1935 г. Игнатий был назначен епископом Липецким, но 24 сентября возвращён на Скопинскую кафедру. В том же году был осуждён за привлечение к богослужению молодёжи, но сумел опротестовать приговор. 3 февраля 1936 г. был арестован с группой священнослужителей и мирян, помещён в скопинскую тюрьму, затем переведён в Таганскую тюрьму в Москве. Его обвиняли в том, что он «возглавлял контрреволюционную группировку духовенства и церковников», определял на приходы священнослужителей, вернувшихся из мест заключения, а также привлекал в церковь молодёжь. На допросах Игнатий говорил, что не имел права отказать в назначении вернувшимся из мест заключения священнослужителям. Виновным в контрреволюционной деятельности себя не признал. Заявил, что лоялен к советской власти, хотя таким её мероприятиям, как насильственное закрытие монастырей и разрушение храмов, сочувствовать не может. 16 марта 1936 г. приговорён особым совещанием при НКВД СССР к пяти годам ссылки в Северный край. Жил в Архангельске на Кегострове. 3 августа 1937 г. арестован и заключён в архангельскую тюрьму. На допросе Игнатий отверг обвинения в «активной контрреволюционной деятельности». 15 октября того же года приговорён Особой тройкой УНКВД по Архангельской области к десяти годам исправительно-трудовых лагерей. Скончался от тягот заключения. Был захоронен на территории лагеря, место погребения неизвестно. Имя Игнатия включено в Собор новомучеников и исповедников Российских определением Священного Синода РПЦ от 17 июля 2002 г.