16 сентября 1922 г. съезд белёвских священнослужителей и мирян отказался подчиниться Тульскому обновленческому епархиальному управлению. Вместо представленной уполномоченным ВЦУ по Тульской епархии протоиереем Василием Никольским резолюции съезд поддержал устав белёвской Спасо-Преображенской общины и выразил желание «сохранить непоколебимыми все догматы, уставы и правила Святой Церкви Православной». 17 сентября Игнатий обратился к прихожанам с посланием, в котором объявил о разрыве белёвской паствы с Тульским епархиальным управлением и признал единственным своим священноначалием патриарха Тихона. Василий Никольский сообщил в ГПУ, что отказавшийся признать «новое церковное течение» съезд белёвского духовенства обнаружил тем самым признаки контрреволюционной деятельности. 31 октября ВЦУ постановило уволить Игнатия на покой и удалить из пределов Тульской епархии. В ноябре обновленцами были уволены за штат все благочинные округов Белёвского викариатства, а также священнослужители, поддержавшие своего архиерея. 1 декабря 1922 г. в Белёве состоялся съезд обновленческого духовенства, который потребовал от Игнатия либо поминать обновленческих руководителей, либо прекратить богослужения. 6 декабря Игнатий сдал по принуждению дела назначенному обновленцами благочинному Белёва протоиерею М. Щеплову. Продолжал служить в храмах Спасо-Преображенской общины, поминая за службой патриарха Тихона. Прихожане Белёва поддержали Игнатия, призвав его не покидать свою паству. Верующие обратились в местный исполком с заявлением о поддержке архиерея и с просьбой не допустить против него насильственных действий со стороны обновленцев. 13 января 1923 г. в бывшем Спасо-Преображенском монастыре, где пребывал Игнатий, произвели обыск. 17 января Игнатий был арестован, помещён в белёвскую тюрьму и затем переведён в Тулу. Игнатия обвинили в том, что он, как «ярый сторонник бывшего Патриарха Тихона», не признавал ВЦУ, рассылал воззвания духовенству и мирянам, в которых предлагал считать недействительными все распоряжения Тульского епархиального управления. Вместе с Игнатием были арестованы секретарь Спасо-Преображенской общины брат епископа иеромонах Георгий, бывший игумен монастыря Феодорит (Лишенко) и директор размещённого в обители музея Е.М. Сабинина. 24 августа 1923 г. Комиссия НКВД по административным высылкам приговорила Игнатия к трём годам заключения в Соловецком лагере. Отбыв срок заключения, Игнатий приехал в Белёв, что привело к массовому возвращению верующих в православие. После отказа от переговоров с обновленцами Игнатий дважды подвергался арестам и по два месяца содержался в тульской тюрьме. Оба раза из-за недостатка улик власти были вынуждены освобождать епископа. Ему было предложено «добровольно» выехать из Белёва, на что Игнатий ответил отказом. 26 декабря 1929 г. епископ вместе с братом архимандритом Георгием был вновь арестован.