После первых успехов в борьбе против латинян Эпирский деспотат стал представлять серьёзную угрозу Латинской Романии. В 1217 г. деспот Феодор захватил в плен латинского императора Пьера II де Куртене, незадолго до этого коронованного в Риме. Папа Гонорий III (1216–1227 гг.) объявил об отлучении Феодора, что означало одновременно и разрыв унии латинян и византийских епархий Эпира. Иоанн Апокавк и другие предстоятели Эпирской церкви стали последовательными противниками соглашений с латинянами как в религиозной, так и в политической сфере. Константинопольские патриархи, восстановившие свой престол в Никее под покровительством никейского императора Феодора Ласкаря (1204/1206 – 1221 гг.), также претендовали на управление епархиями на всей территории прежней Византии. При этом у Никеи, отрезанной от Балкан латинскими владениями, не было возможности каким-либо образом участвовать в церковной жизни Эпира и других греческих областей. Самостоятельные действия Эпирской церкви вызывали протесты Никеи. Так, в 1213 г. Иоанн Апокавк созвал Собор в Арте, на котором получили хиротонию епископы Лариссы и Диррахия, городов, не входивших в состав Навпактской митрополии, но незадолго до этого присоединённых к Эпирскому деспотату. Подобным образом в Эпире епископы поставлялись и позднее, причём в выборе кандидатур на епископские кафедры Иоанн Апокавк зачастую не обладал решающим голосом, а решения принимались в ходе консультаций архиереев и светской власти. В 1219 г., после смерти митрополита Керкирского Василия Педиадита, на его кафедру был возведён Георгий Вардан, которого Иоанн Апокавк предполагал сделать епископом Воницы. Около 1222 г. Иоанн Апокавк был вынужден уступить желанию деспота Феодора поставить митрополитом Новых Патр Иоанна Космомойра, хотя и имел собственного кандидата на эту кафедру – Евфимия Торника. Впоследствии он добился низложения Космомойра за его связи с Никейской церковью. Конфликт Иоанна Апокавка с патриархатом обострился, вероятно, около 1215 г., когда в Никее на митрополию Навпакта вопреки правам Иоанна Апокавка был возведён некий Самсон. Иоанн Апокавк направлял в Никею послания с протестами, но они остались без внимания. Самсон скончался до 1219 г., оставаясь в Никее. В декабре 1220 г., вероятно, рассчитывая на примирение, патриарх Мануил I (1215–1222 гг.) отправил Иоанну Апокавку письмо, в котором предлагал участвовать в церковном Соборе в Никее, прислать туда епископов или приехать самому (на Соборе предполагалось обсудить проект заключения унии с Римско-католической церковью и сформировать делегацию в Рим для переговоров по этому вопросу). В ответном письме Иоанн Апокавк отказался от участия в Соборе, отметив, что посланник от Эпирской церкви мог бы присоединиться к никейскому посольству в пути, если Собор действительно решит направить делегацию в Италию.