Уже при жизни Иоахима Флорского большую популярность приобрёл созданный им в 1191 г. и одобренный папой Римским Целестином III в 1196 г. Флориаценский монашеский орден (мужской и  женский). Орден, отличавшийся строгим уставом и образом жизни, просуществовал до 1505 г. Начиная с XIII в. идеи Иоахима Флорского тесно переплетаются с возникшим в Ордене францисканцев движением спиритуалов. Несмотря на переосмысление наследия Иоахима Флорского, общими чертами его последователей были критика церковных устоев, проповедь аскетизма и нищеты, хилиастические (см. Хилиазм) и эсхатологические (см. Эсхатология) мотивы. Церковь беспощадно преследовала иоахимитов, многие из них погибли в застенках инквизиции и на костре. В 1213 г. четвёртый Латеранский собор, а в 1260 г. Арльский собор осудили ряд положений учения Иоахима Флорского и иоахимитов. Однако влияние идей Иоахима Флорского не угасло. В эпоху Реформации идеи иоахимизма унаследовали Томас Мюнцер (около 1490 – 1525 гг.) и ряд протестантских мистиков: Себастьян Франк (1499–1543 гг.), Валентин Вайгель (1533–1588 гг.), Яков Бёме (1575–1624 гг.) и др. В эпоху Просвещения отзвуки идей Иоахима Флорского обнаруживают себя у пиетистов, Эммануила Сведенборга (1688–1772 гг.), Иоганна Готфрида Гердера (1744–1803 гг.) и других. Ряд положений Иоахима Флорского воспроизвели в Новое время Георг Вильгельм Фридрих Гегель (1770–1831 гг.), Готхольд Эфраим Лессинг (1729–1781 гг.), Фридрих Вильгельм Йозеф Шеллинг (1775–1854 гг.) и др. В России наследие Иоахима Флорского частично прослеживается у Фёдора Михайловича Достоевского (1821–1881 гг.), Дмитрия Сергеевича Мережковского (1865–1941 гг.), Владимира Сергеевича Соловьёва (1853–1900 гг.), Николая Александровича Бердяева (1874–1948 гг.). В XX в. отголоски иоахимизма исследователи видят в авангардизме Василия Васильевича Кандинского (1866–1944 гг.) и Франца Марка (1880–1916 гг.), чешского поэта Ярослава Врхлицкого (1853–1912 гг.), в работах Болеслава Пьясецкого (основателя польского католического движения «Рах», отождествлявшего эпоху Святого Духа с коммунизмом), в романах Мюриэль Сары Спарк (1918–2006 гг.) и Умберто Эко (1932–2016 гг.), других писателей и мыслителей.