В бумажных вставках ХVI в. в пергаменную рукопись песнопений св. Тбели Абусеридзе (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе, 1233 г.), сделанных при Ишханском архиепископе Аверкии каллиграфом Симеоном Каргаретели, сохранились сведения о том, что в ХVI в. Ишхани был действующим монастырём. Созданные в Ишхани рукописи были использованы для составления Шатбердского сборника (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе) и Пархальского Многоглава (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе), о чём сказано в колофонах последнего (подробнее о деятельности монастырей тао-кларджетской литературной школы см. в ст. Грузинская православная церковь). После захвата Тао-Кларджети турками в конце XVI в. произошла исламизация этой области. Историк XVIII в. Вахушти Багратиони в сочинении «История царства Грузинского» характеризует Ишханскую крепость как «довольно твёрдую», упоминает «огромный и прекрасно выстроенный купольный храм. Здесь восседал епископ, пастырь Испири, Тортоми, Байбурди, до Трапезундской горы, а ныне пустует». В 1917 г. в Ишхани побывала экспедиция Грузинского общества истории и этнографии под руководством Эквтиме Семёновича Такаишвили, в её составе находились инженер Анатолий Николаевич Кальгин, художники Ладо Гудиашвили и Михаил Чиаурели (впоследствии народный артист СССР), художник-график, архитектор и настоятель монастыря Вардзиа иеромонах Ипполит. Они выполнили точные замеры храмов, сделали чертежи, скопировали и зарисовали надписи и фрески. Э.С. Такаишвили указал, что во второй половине XIX в. в западном приделе кафоликона устроили мечеть: помещение было отделено от восточной части храма, включающей три рукава, поперечной булыжной стеной с окном. Для входа в восточную часть были пробиты крупные бреши в северной стене жертвенника и в западной стене северного придела. Парадную южную дверь храма замуровали: здесь был устроен кюмбет (куполообразный водоём). Кафоликон Ишхани отчасти руинизирован. Утрачены западный придел, своды над западным и восточным рукавами, значительные площади облицовки и росписей. Э.С. Такаишвили, ссылаясь на сведения С. Саргисяна и Н. Шугурова, писал, что для уничтожения росписей западного рукава, где была устроена мечеть, мусульмане развели вдоль стен костры. Остатки росписи были соскоблены остриями пик. Стены остальных трёх рукавов были менее испорчены, турецкие солдаты штыками повредили живопись. Однако красота фресок кафоликона Ишхани привлекала внимание мусульман. Н.Я. Марр привёл турецкое изречение, которое во второй половине XIX в. характеризовало Ишхани в числе других памятников: «Славится красота храма Ошки и местоположение Хахули и роспись Ишхани». В конце XX – начале XXI вв. грузинские специалисты активно изучали состояние разрушающихся грузинских архитектурных памятников Тао-Кларджети. Договоры с турецкой стороной о реставрации Ошки и Ишхани затягиваются. Обсуждается вопрос о возможности восстановления грузинской стороной грузинских храмов в Тао-Кларджети при условии, что турецкая сторона сможет восстановить четыре мечети на территории Грузии.