В 1647 г. отреставрированный патриархом Паисием монастырь пророка Илии стал одним из основных хозяйственных центров патриархата: диакон Иона Маленький (1651 г.) упоминает принадлежавшие монастырю пашни, виноградники и оливковые рощи. Наиболее подробное описание монастыря пророка Илии сделал Василий Григорьевич Григорович-Барский (1726 г.): «Аще и мал отъвне зрится быти, обаче внутрь многа здания содержит... и тесен есть внутрь. Имат же храм преизбраний, велик и висок, с главою одною, яже зрится вне обители издалеча, шестию же столпами поддержится... Храм оний иногда бисть иконописан зело лепо, но понеже обетша, сего ради поновлен есть варом... Сице же тесно с келиями совокуплен окрест, яко низу ниоткуду к вратам пути имат, но иноки, правила ради, снисходят сверху зданий степеней каменных вниз к дверем... Трапези здание мало есть и келий такожде мало суть, понеже церковь величеством своим наполни весь монастир». О фресках с эпизодами жития пророков Илии и Елисея упоминает Р. Покок (1743 г.). В.Г. Григорович-Барский и паломник Серапион (1751 г.) сообщают также о «докуке» от бедуинов, которым монахи были вынуждены выплачивать натуральный оброк. Летописи палестинских греков начала XIX в. сохранили свидетельства того, что во время восстания жителей Южной Палестины против дамасского паши (1825 г.) бунтовщики (в частности, из соседней Бейт-Джалы) использовали монастыри как опорные пункты, а также прятали там своё имущество. Желая получить спрятанные в монастыре пророка Илии деньги феллахов, паша подверг пыткам игумена монастыря Флавиана (Неофит Кипрский. «Двадцатилетие, или Продолжение всего случившегося в православной Иерусалимской Церкви с 1821 г. до настоящего 1841 г.). Здания монастыря были отремонтированы в 1858–1859 гг. Последняя реставрация была предпринята в 1976–1977 гг. киприотом архимандритом Аркадием (впоследствии митрополит Аскалонский). Специальное исследование, позволяющее определить, включает ли существующая трёхнефная базилика (купол которой был утрачен при реставрации) фрагменты средневековой постройки, не проводилось. У северной стены находятся гробницы Вифлеемских епископов Илии (ум. в 1345 г.) и Михаила (ум. в 1811 г.). Позднейшее предание связывает одну из этих гробниц с именем Иерусалимского патриарха Илии (Илии II?). В обители хранятся частица мощей Пентапольского митрополита Нектария Эгинского и звенья цепей Георгия Победоносца, от которых происходят исцеления. В настоящее время в монастыре пророка Илии подвизается один монашествующий – игумен Парфений. В 1992 г. во время работ по расширению шоссе Иерусалим-Вифлеем близ монастыря пророка Илии были обнаружены развалины церкви византийского периода. С южной стороны она граничит с колодцем Бир-Кадисму. Во время раскопок октябрь 1992 г. – февраль 1993 гг. была исследована западная часть церкви, и обнаружены мозаичные полы, засыпанные затем для сохранности. При раскопках 1997 г. стало ясно, что церковь была сооружена в V в., перестроена в VI в., в VIII в. превращена в мечеть и вскоре после этого разрушена. Эту постройку исследователи отождествили с известной по письменным источникам церковью Кафизмы Пресвятой Богородицы (см. подробнее в ст. Кафизмы монастырь), построенной на месте, где Она отдыхала по пути в Вифлеем. Согласно Житию Феодосия Великого, монастырская церковь Кафизмы была сооружена богатой вдовой при Иерусалимском архиепископе Иувеналии (422–458 гг.), преподобный Феодосий некоторое время был игуменом монастыря Кафизмы. В центре восьмиугольной в плане церкви находится скала, напоминающая по своей форме сиденье. Почти все церковные помещения имели мозаичные полы, некоторые из них были добавлены в VIII в.