Когда на Константинопольский престол взошла императрица Ирина (780–802 гг.), и иконоборческие настроения сменились на противоположные, Иоанн послал текст иерусалимского синодика Константинопольскому патриарху Павлу IV (780–784 гг.). Получив гарантии безопасности (или обещание императорского приёма), Иоанн отправился в Константинополь, чтобы быть признанным в качестве канонического епископа Готии, однако, как полагают исследователи, ему это не удалось. В Житии говорится о проповеди Иоанна в «святой Вселенской (кафолической) Церкви» (вероятно, в кафедральном храме Святой Софии в Константинополе). Исследователи полагают, что императрице было выгодно использовать Иоанна на первом этапе восстановления иконопочитания именно как заезжего проповедника: формально Иоанн не входил в клир Константинопольской патриархии, и Ирина, не решавшаяся ещё открыто выступать против иконоборчества, не несла ответственности за его выступления. В седьмом Вселенском соборе Иоанн, очевидно, не участвовал: в Житии об этом не сообщается, а подпись под актами четвёртого соборного заседания: «Кирилл, монах и эк просопу (т.е. от лица) Иоанна, епископа готов» (на этом заседании Готию также представлял диакон Евфимий) – является позднейшим дополнением. В актах первого и третьего заседаний тот же Кирилл подписался как местоблюститель Никиты, епископ готов. Таким образом, как полагают исследователи, к 787 г. Константинополь официально признавал в качестве епископа Готии не Иоанна, а своего ставленника – Никиту. Житие повествует, причём не слишком ясно, о конфликте с хазарами, участие в котором Иоанна для исследователей остаётся также не до конца понятным. В четвёртой главе события описываются так: «Преподобный епископ Иоанн после этого своим собственным народом был выдан хазарским архонтам, потому что объединился он с господином Готии, его архонтами и всем народом для того, чтобы не владели их страной упомянутые хазары: послав войско, хаган захватил их крепость под названием Дорос, поставив в ней сторожевой гарнизон, который упомянутый преподобный епископ и изгнал со своими людьми, и овладел ущельями. Тогда, зная, что архиерей предан одним селением, они (т.е. люди Иоанна) прибегли к хагану; и господина Готии тот пощадил, а 17 рабов хаган обезглавил без вины. Преподобный же, заключённый под стражу, сумел убежать и переправиться на противоположный берег в христолюбивый город Амастриду». Автор Жития рассказывает о готско-хазарском конфликте довольно путано. Кроме того, ключевым для понимания хронологического порядка событий является разночтение. По мнению французского историка Константина Цукермана, невозможно точно решить вопрос о датировке антихазарского восстания, т.к. последнее упомянутое перед ним в Житии событие – Собор 787 г., но Иоанн не участвовал в нём, и конфликт с хазарами следует датировать временем после посещения Иоанном Константинополя (784 г.).