В послании от 3 марта 517 г. папа сообщал Иоанну о своих планах добиваться от «милостивейшего императора» восстановления всеобщего мира в церкви. Формальной причиной преследований Иоанна в Византии и признания его возведения в сан незаконным было то, что после избрания Иоанн не известил об этом митрополита Дорофея Фессалоникийского. Между тем в соборном послании 516 г. епископы Эпира спрашивали папу, стоит ли им передать в Фессалонику извещение о поставлении Иоанна. 12 апреля 517 г. папа Гормизд составил три послания, посвящённые эпирским делам: к Иоанну, к митрополиту Дорофею Фессалоникийскому, к своим легатам Эннодию и Перегрину, которые в это время отправлялись из Рима в Константинополь для переговоров с императором Анастасием. Исследователи полагают, что в это же время папа составил послание и к императору Анастасию. Папские легаты после прибытия в Фессалонику должны были посетить Дорофея, но им было приказано держаться с ним как с иерархом, который находится вне общения с Кафолической церковью. Легаты должны были потребовать от митрополита Дорофея прекратить интриги против эпирских епископов. В случае его отказа примириться с Иоанном и другими эпирскими епископами легатам предписывалось после прибытия в Константинополь представить дело на рассмотрение императора. Послание к митрополиту Дорофею содержало пересказ жалоб Иоанна. Отказ Иоанна известить Дорофея о своём избрании папа обосновывал тем, что Иоанн стремился избежать общения с отступником. Папа угрожал анафематствовать митрополита Дорофея как еретика, если он откажется от восстановления общения с Римом и Эпиром. В послании к Иоанну и другим эпирским епископам папа вновь заверял их в своём расположении, информировал о распоряжениях, данных легатам, а также указывал, что отправлять извещение митрополиту Дорофею он не считает нужным. В послании к императору Анастасию папа отмечал, что Иоанн по примеру своего предшественника Алкисона вступил в общение с Римской церковью, за это подвергся нападкам со стороны некоторых людей (имя Дорофея не называется). Папа просил императора оградить Иоанна от них и поддержать его, одобрение императора Анастасия послужило бы на пользу другим колеблющимся в восстановлении общения с Римом. В начале 517 г. папа Гормизд ещё верил в возможность достижения мира с церквами Востока с помощью дипломатии и возлагал большие надежды на легатов. О последствиях вмешательства папы в дело эпирских епископов сведений нет. Исследователям известно, что легаты полностью не выполнили инструкции Гормизда и не останавливались в Фессалонике. Тем не менее, в последующие годы Иоанн сохранил кафедру за собой. Осенью 519 г., уже после смерти императора Анастасия и преодоления акакианской схизмы, Иоанн направил в Рим диакона Аммония с жалобами на то, что его противники настраивают против него нового императора Юстина I. 3 декабря 519 г. папа отправил послание епископу Иоанну и диакону Диоскору, своим легатам в Константинополе, в котором призывал легатов принять меры при дворе, чтобы укрепить положение Иоанна. Таким образом, Иоанн в декабре 519 г. был ещё жив, но после этой даты сведения о нём отсутствуют; время кончины не установлено. Исследователям известна печать с именем епископа Иоанна Никопольского, но она принадлежит преемнику Иоанна, который жил в VII–VIII вв.