По воспоминаниям А.М. Андрюк, Иоанн во время богослужения любил петь на клиросе. В один из таких дней местный житель попытался убить Иоанна. Певчая, закрывшая его собой, получила пулевое ранение. В 1926 г. привлекался к следствию по обвинению в «агитации к подрыву советской власти и против советской школы», в постройке Прилепской церкви. Следствие было прекращено за отсутствием доказательств преступления, однако пребывание Иоанна в БССР было признано «социально опасным». 26 марта 1926 г. особым совещанием при Коллегии ОГПУ Иоанн был выслан из Петрикова и лишён на три года права проживания в крупных городах страны. Иоанн жил в посёлке Лоев (ныне Гомельской области), откуда управлял епархией. 18 сентября 1926 г. Иоанн по обвинению в «нелегальном управлении епархией и распространении контрреволюционных слухов» был приговорён к трём годам ссылки в Коми (Зырян) автономную область. В августе 1929 г. был переведён на «вольное поселение». Избрал по распоряжению Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) для проживания город Рыльск. Назначен епископом Рыльским, викарием правящего Курского архиепископа Дамиана (Воскресенского). 28 сентября 1932 г. Иоанн был арестован, заключён в тюрьму ОГПУ в Курске. Вместе с архиепископом Дамианом (Воскресенским) и Орловским епископом Николаяем (Могилёвским; впоследствии митрополит Алма-Атинский), а также с большой группой священнослужителей, монахов и мирян проходил по делу «контрреволюционной церковно-монархической организации “Ревнители Церкви”» как глава «Рыльского объединения организации». На допросах никого не оговорил и виновным себя не признал. 7 декабря 1932 г. особым совещанием при ОГПУ приговорён к десяти годам исправительно-трудовых лагерей. В лагерях Иоанн познакомился с епископом Николаем (Могилёвским), вступил в переписку с мученицей Татианой Гримблит. Отбывал заключение в Саровском, затем в Темниковском, Ветлужском, с апреля 1933 г. – в Ухтинско-Печорском исправительно-трудовом лагере. С сентября 1934 г. по апрель 1935 г. был заключён в штрафной изолятор за «плохой труд». Позднее работал сторожем «парка культуры и отдыха» в лагерном посёлке Чибью (ныне город Ухта). В октябре 1937 г., накануне 20-летия Октябрьской революции, в парке были прибиты деревянные кресты к трибуне и к деревьям. Хотя с сентября Иоанн не находился в Чибью, 2 декабря он был задержан по обвинению в «контрреволюционной пропаганде». Виновным себя не признал. Согласно обвинительному заключению, «устраивал сборища духовных и других неизвестных лиц, проводились моления и песнопения в рабочее время. В религиозные праздники не работал и призывал к этому других». 5 января 1938 г. Особой тройкой при УНКВД по Архангельской области приговорён к расстрелу. 11 марта того же года казнён. Погребён в безвестной общей могиле. Прославлен архиерейским юбилейным Собором РПЦ 2000 г.