В 1830–1860 гг. Илори, расположенная на принадлежащем Мегрелии берегу реки Галидзга, стала предметом притязаний абхазсого владетельного князя Михаила Шервашидзе. Между абхазскими племенами происходили частые столкновения, был сожжён дом князя, и совершено нападение на Илори. В XIX в. богослужение в Илори не прерывалось. В 1834–1839 гг. здесь служил священник Давид Жгенти. В 1844 г. командированный в Илори игумен Феофан послал описание храма экзарху Грузии Евгению (Бажанову), в котором отметил, что «Илорская церковь каменная и крепкая, не требует ремонта, крыша черепичная, каменная стена неполая, часть разрушена от древности». По мнению А. Кация, в 1840 гг. вместе с другими храмами была отремонтирована и Илори. С. Пушкарёв в газете «Кавказ» от 4 августа 1854 г. писал о том, что «из древних православных храмов уцелело два: в Соук-су и Илорах. В них отправляется богослужение грузинскими священниками» Связанные с Илори народные обычаи «чудотворного появления священного быка» продолжали сохраняться и в это время, о чём писал в записке от 11 декабря 1852 г. начальник первого отделения Черноморской береговой линии вице-адмирал Лазарь Маркович Серебряков. В 1860–1861 гг. был закончен ремонт Илори, осуществлённый на средства князя Михаила Шервашидзе (Центральный государственный исторический архив Грузии). В 1890 г. в Илори возвели иконостас. В 1906–1907 гг. Илори реставрировалась и была расписана, на территории появились новые постройки (Центральный государственный исторический архив Грузии). В 1910 г. при Илори было решено открыть русский женский монастырь, однако проект так и не был осуществлён (Центральный государственный исторический архив Грузии). В XIX – начале XX вв. Илори была одной из богатейших церквей Закавказья. Значительные доходы от пожертвований шли не только на нужды храма (постройку зданий, в том числе школы, приобретение церковной утвари), но и на строительство и поновление других церквей и школ, а также в кассы экзархата, Общества восстановления православного христианства на Кавказе и Сухумской епархии. После восстановления автокефалии Грузинской православной церкви (12 марта 1917 г.) церковно-административное деление Грузии на первом Соборе ГПЦ (8–17 сентября) было изменено, и Илори вошла в юрисдикцию новообразованной Сухумско-Абхазской епархии ГПЦ. В 1920 гг., несмотря на антирелигиозную политику Советского государства, богослужения в Илори не прекращались. Газета «Советская Абхазия» 18 августа 1928 г. писала, что «в селе Илори всё ещё продолжаются жертвоприношения; религиозные праздники отмечаются со всей присущей им торжественностью». В 1930 гг. была утрачена часть Илорской иконы великомученика Георгия (уцелевшая часть хранится в Институте рукописей Корнелия Кекелидзе), храм был закрыт.