С конца 1653 г. стороны при содействии Константинопольского патриарха Паисия стали искать пути к примирению. На протяжении 1654–1655 гг. епископ Иоасаф и Иоанникий обменялись несколькими грамотами, и патриарх даровал прощение Синайскому епископу. После того как богослужения синаитов в церкви в Джувании были запрещены, монахи молились в патриаршей церкви Каира. В середине XVII в. установились тесные контакты православного Востока и России. Иоанникий периодически обменивался с Москвой посланиями и получал милостыню из России. В 1643 г. он вместе с другими восточными патриархами утвердил своей подписью окончательную редакцию «Православного исповедания веры» митрополита Петра (Могилы). В июле 1645 г. с послами Василием Григорьевичем Телепнёвым и Алферием Кузовлевым Иоанникию была направлена заздравная милостыня царя Михаила Фёдоровича. В августе того же года посланник Иоанникий архимандрит Макарий приезжал в Москву с просьбой о денежной помощи на покрытие долгов Александрийского престола, которые Иоанникий оценивал в 6 тыс. ефимков (талеров). Макарий был принят царём Алексеем Михайловичем, поднёс ему в дар частицы мощей Иоанна Милостивого и священномученика Киприана и получил для передачи Иоанникию иконы в серебряном окладе, патриаршее облачение, драгоценную митру, посох и милостыню соболями на 1 тыс. руб. Весной 1651 г. города дельты Нила посетил русский паломник иеродиакон Иона Маленький, составивший описание путешествия. В августе-сентябре того же года в Египет приезжал русский посланник монах Арсений (Суханов), который останавливался в Каире, на Джуванийском подворье, и обсуждал с Иоанникием ряд богословских проблем, возникших в связи с подготовкой реформы по унификации русских церковных обрядов по греческим образцам. Арсений оставил ценные статистические и этнографические сведения о христианстве в Египте в середине XVII в. В мае 1652 г. в России ожидали приезда Александрийского патриарха, однако визит не состоялся. Иоанникий, как и другие греческие иерархи, интересовался политической ситуацией в Восточной Европе, поддерживал Богдана Хмельницкого и царя Алексея Михайловича в борьбе с Речью Посполитой. Перемирие России с Речью Посполитой в 1656 г. и начало войны со Швецией вызвали большие опасения на православном Востоке. Иоанникий обратился к Алексею Михайловичу с настойчивыми призывами не вести борьбу на два фронта, сначала победить польского короля, который воспринимался как главная угроза православному миру. Соблюдая конспирацию, Иоанникий передал послание устно с греческим агентом Исаией Остафьевым, который приехал в Москву в апреле 1658 г., уже после смерти патриарха. Иоанникий был хорошо образован. В конце жизни он составил описание конфликта с синаитами в форме дневниковых записей со вставками текстов официальных документов. Богословские и политические взгляды Иоанникия нашли отражение в беседах с Арсением (Сухановым) и в текстах грамот, отправленных в Россию.