В январе 1648 г. в Константинополе прошёл Собор с участием Иоанникия, Константинопольского и Иерусалимского патриархов и многих архиереев. Епископ Иоасаф и его сторонники вновь были преданы анафеме. В марте к этому решению присоединился Антиохийский патриарх Макарий III. В июне 1648 г. епископ Иоасаф дал письменное обязательство больше не служить в Джувании. Однако в сентябре 1649 г. сподвижник Иоасафа иеромонах Нектарий (впоследствии Иерусалимский патриарх) предлагал Иоанникию отступное за разрешение богослужений на подворье. Не добившись успеха, Нектарий отправился за помощью к Константинопольскому патриарху Парфению II (второе патриаршество, 1648–1651 гг.). Другой посланец Иоасафа, Климент, был направлен к молдавскому князю Василию. Нектарию и Клименту удалось заручиться поддержкой Василия Лупу. Пользуясь своим непререкаемым авторитетом среди православных Османской империи, Василий принудил Константинопольских патриархов Парфения II и его преемника Иоанникия II (второе патриаршество, 1651–1652 гг.) предоставить грамоты монастырю в поддержку требований синаитов. Одновременно он отправил ряд угрожающих посланий Иоанникию (от 1650 г. и 8 августа 1651 г.), в последнем требовал вернуть молдавскую милостыню, дарованную Александрийскому престолу, и обещал употребить своё влияние на османские власти, с тем чтобы они заставили Иоанникия пойти на уступки синаитам. Иоанникий получил это послание в апреле 1652 г., и уже через несколько дней синаиты призвали его на суд у египетского паши, предъявив патриарху множество обвинений. Некоторое время Иоанникий скрывался в монастыре св. Саввы в Александрии. Османские власти по разным поводам взыскали с патриархии свыше 1 тыс. пиастров. Синаиты возобновили богослужение на подворье. 19 августа Иоанникий и некоторые из его приближённых были брошены в тюрьму и избиты. Патриарх сумел освободиться через шесть дней, пообещав египетскому паше 2 тыс. пиастров. После свержения Василия Лупу с молдавского престола (в первый раз – 13 апреля, затем – 16 июня 1653 г.) синаиты лишились главного покровителя. 3 июня 1653 г. кадиаскер (верховный судья) Египта постановил обратить церковь на подворье синаитов в мечеть под тем предлогом, что раньше на этом месте стояла мусульманская культовая постройка. В церковных кругах православного Востока высказывались подозрения, что решение мусульманских властей было инспирировано Иоанникием, хотя патриарх неоднократно опровергал эти слухи. В ноябре 1653 г. он отлучил синайского иеромонаха Нектария по обвинению в намерении ехать в Константинополь и добиваться его низложения.