Ещё до его официального открытия, в конце 1862 г., Исидор писал Филарету (Дроздову), что введение Синода в полном составе в Присутствие обеспечит большинство за иерархией и позволит блокировать решения «светских», а важнейшие вопросы можно предварительно обсуждать в «домашних собраниях». Среди основных целей Присутствия – разработка преобразований в церкви, соответствующих эпохе великих реформ, поддержка духовенства, особенно в Западном крае. Состоялись 72 заседания (в том числе с участием министра внутренних дел Петра Александровича Валуева), которые обычно проходили в митрополичьих покоях в лавре. Последнее заседание состоялось в декабре 1881 г. – январе 1882 г. (официально Присутствие было закрыто в феврале 1885 г.). Современники свидетельствовали, что Исидор «мог не только уживаться с самыми разнообразными течениями и направлениями в области церковной жизни, но и быть проводником и исполнителем их. Правда, если ему приходилось осуществлять такие мероприятия, с которыми он в душе не был согласен, то он всегда умел их ослабить, даже совсем парализовать, но делалось это всегда тихо, спокойно, практично, без всякой личной борьбы с виновниками этих мероприятий, без всякого обострения с ними отношений». По словам профессора Александра Львовича Катанского, Исидор «при склонности идти по господствующему течению» был способен только на «пассивную оппозицию и в этом отношении был неподражаем». «Осуждали его за уступчивость Синоду и некоторую робость перед знаменитостями, – вспоминал митрополит Леонтий. – Правда, митрополит Исидор уклонялся от борьбы, но его выжидательная манера действования имела пользу и успех». Внешне никогда не относившийся к церковной оппозиции, Исидор проявил себя (особенно в дневниках и переписке) как резкий противник вмешательства светского общества в церковные дела. Он осторожно противостоял бюрократизации церковного управления. По словам А.Н. Львова, Исидор, «разбирая и освещая какой-нибудь конкретный факт, выставляет все его стороны и показывает, как бы в интересах дела и Церкви факт должен был окончиться» и как Владимир Карлович Саблер и Константин Петрович Победоносцев «всё изменяют». При Исидоре сократилось число так называемых царских дней, в которые обязательно должно было совершаться богослужение в Исаакиевском или Петропавловском соборе (первоначально – до 70 раз в год); были введены выборы помощников благочинных и благочиннических советов, хотя митрополит был противником выборов благочинных. Исидор «рассудительно» опасался поднимать вопрос о восстановлении патриаршества, однако в 1878 г. передал в библиотеку Санкт-Петербургской духовной академии рукопись Ревельского епископа Агафангела (Соловьёва) «Высшая администрация Русской Церкви» (1857 г.) и рукописи Андрея Николаевича Муравьёва с проектами реформ системы церковного управления; эти материалы стали использоваться в лекционных курсах и содействовали актуализации в церковной среде дискуссии о возобновлении патриаршего управления. В 1886 г. выступил за освобождение церквей и монастырей от земского налога на принадлежащие им земли. Исидор возражал против предоставления больших прав единоверцам и хиротонии для них епископа (1853–1864 гг.), препятствовал осуществлению церковно-судебной реформы (1869–1870 гг.), полагая, что она направлена против архиерейской власти, был, как и Дмитрий Андреевич Толстой, противником военной реформы Дмитрия Алексеевича Милютина.