Избран действительным членом Православного миссионерского общества (1876 г.), награждён орденами св. Анны третьей (1876 г.) и второй (1880 г.) степени, св. Владимира четвёртой (1889 г.) и третьей (1894 г.) степени. В конце жизни Исаакий стал заметно слабеть и келейно принял постриг в схиму. В июне 1894 г. началась предсмертная болезнь. На просьбы указать своего преемника Исаакий отвечал: «Матерь Божия Сама укажет вам игумена». В течение последних двух недель ежедневно причащался, принимал монахов и давал им наставления. Был похоронен в Казанском соборе Оптиной пустыни в северном приделе. Чин погребения 24 августа 1894 г. совершили Калужский епископ Александр (Светланов) и настоятели нескольких монастырей. В завещании, составленном в июле того же года, Исаакий распорядился свои иконы и книги передать Оптиной пустыни и добавлял: «Кроме же св. икон и книг ничего собственного я не имею... Наг родился я, ничего и не оставляю» (Российская государственная библиотека). 29 августа 1894 г. речь, посвящённую Исаакию, произнёс в Оптиной пустыни приехавший из Москвы иеромонах Трифон (Туркестанов; впоследствии архиепископ Дмитровский). В 1896 г. начался сбор материалов для составления жизнеописания Исаакия по инициативе старца Иосифа (Литовкина), который передал разным людям вопросы о его биографии и получил ответы (Российская государственная библиотека). В результате появился «Очерк жизни настоятеля Оптиной пустыни архимандрита Исаакия», составленный, как полагают исследователи, архимандритом Агапитом (Беловидовым) и опубликованный в журнале «Душеполезное чтение» (в 1995 г. этот текст был переиздан с некоторыми дополнениями). Переписка Исаакия сохранилась в архиве Оптиной пустыни (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки). Мощи Исаакия были обретены 13 февраля 1995 г. при восстановительных работах в Казанском соборе. По благословению Патриарха Московского и все Руси Алексия II мощи были перенесены во Введенский собор наместником Оптиной пустыни архимандритом Венедиктом (Пеньковым) с сослужащими. Над мощами стали читать Псалтирь, совершать литии. 19 февраля того же года замироточила икона Живоначальной Троицы во Введенском соборе. 20 февраля заупокойную литию совершил Пинский епископ Стефан (Корзун). 26 июля 1996 г. Исаакий был прославлен в Соборе Оптинских старцев в лике местночтимых святых, на архиерейском юбилейном Соборе 2000 г. – общецерковно. Мощи Исаакия почивают в Казанском соборе Оптиной пустыни в северном приделе. Иконописные образы Исаакия, созданные после его канонизации иконописцами Оптиной пустыни, опираются на сохранившиеся фотографии второй половины XIX в. (архив Оптиной пустыни, Российская государственная библиотека; например, фотографии 1892 и 1894 гг. из собрания Оптиной пустыни).