В 1756 г. Ираклий вступил в конфликт с новым префектом Черниговского коллегиума – иеромонахом Иеремией (Гусаревским), который «противился порядкам, введённым епископом». При рассмотрении дела в Синоде оказалось, что конфликт сводился, в частности, к тому, что префект покровительствовал некоторым воспитанникам коллегиума, которые не отличались достойным поведением. Так, в 1758 г. иеромонах Иеремия выпустил из-под караула семинаристов, учинивших драку с канонирами Черниговского артиллерийского гарнизона, скрывал и другие проступки учеников. Епископ отобрал у иеромонаха Иеремии «коллегиатскую» печать и, отрешив от должности, наложил на него епитимию – ежедневно проповедовать в кафедральном соборе. Донесение в Синод по поводу бывшего префекта Ираклий завершил стихотворной притчей о волке в шкуре овцы: «Лишь только дневной шум замолк, / Надел пастушье платье волк / И взял пастуший посох в лапу… /  И крался тихо сквозь лесок / На ужин для добычи к стаду…» Жёсткий администратор, Ираклий имел репутацию «приверженца монашествующего духовенства». Благочинными церквей он назначал, в основном, игуменов и иеромонахов, чем возбудил против себя белое духовенство. В 1760–1761 гг. семёновский протоиерей Д. Стефановский, мглинский священник А. Войдаковский и др. подавали императрице Елизавете Петровне жалобы на Ираклия за регулярные притеснения со стороны иеромонахов, осуществлявших по приказанию архиерея ревизии приходов. Ранее настоятель Петропавловской церкви села Козёл иерей Иаков Стефанов писал в Синод, что Ираклий лишил его мельничного и винокуренного доходов, а также некоторых угодий в пользу черниговского Борисоглебского монастыря, однако епископ сумел доказать, что перечисленные в донесении иерея И. Стефанова вотчины и земли ещё грамотами царя Алексея Михайловича переданы этой обители. О притеснениях Ираклия писал в Синод и клирик города Новгорода-Северского священник Роман Величковский. В октябре 1761 г. по личному распоряжению императрицы Елизаветы Ираклий был уволен от управления епархией, а в Чернигов был назначен новый архиерей – Воронежский епископ Кирилл (Ляшевицкий). С 21 ноября того же года Ираклий проживал в новгород-северском в честь Преображения Господня монастыре. В августе 1762 г. Ираклий отправился в Москву на торжества коронации императрицы Екатерины II, но, по сообщению Черниговской летописи, «не успел» прибыть к 22 сентября – дню коронации. 25 октября 1762 г. Святейший Синод ходатайствовал перед новой императрицей о назначении Ираклия настоятелем Троицкого Ильинского монастыря, в котором архиерей, будучи архимандритом больше 20 лет, зарекомендовал себя деятельным пастырем. 5 ноября того же года епископ возглавил Троицкий Ильинский монастырь. При этом императрица Екатерина II повелела Ираклию «исполнять должное по узаконениям со тщанием» и обещала первую свободную архиерейскую кафедру. В апреле 1763 г. Ираклий вернулся из Москвы в Чернигов. Он был погребён в соборе Троицкого монастыря под жертвенником, в склепе-усыпальнице Черниговских архипастырей.