В берлинской рукописи содержатся четыре рассказа, три из которых исследователи отождествляют с главами 28–30 «Плирофорий», а один близок к ним по содержанию, но не имеет прямых параллелей в сборнике (в издании Ф. Но – главы 90–93). Тема произведения – пропаганда неприятия Халкидонского собора и доказательство Божьей поддержки антихалкидонитскому движению. Главы 55 и 59 носят теоретический характер: автор стремился показать, что Халкидонский собор не более чем восстановил несторианство, осуждённое на Соборе в Эфесе. Произведение исследователи готовы назвать архетипическим, т.к. впоследствии этот жанр был использован в различных западно-сирийских хрониках и Житиях, имеющих полемическую направленность. Концепция автора включает историософский детерминизм: «еретики»-халкидониты в истории играют почти «космологическую» роль виновников испорченности этого мира. Сокращённые версии «Плирофорий» содержатся в Хронике Зукнина (см. Дионисия Телль-Махрского хроника, VIII в.) и в Хронике Михаила Сирийца (XII в.). Помимо сирийского произведение было довольно рано переведено на коптский (сохранившиеся фрагменты изданы У. Крамом и Т. Орланди) и армянский (версии сохранились как отдельно в рукописях, так и в составе сборника «Книга писем» («Книга переписи»; официальная редакция – VII в.) и армянского перевода Хроники Михаила Сирийца) языки. Иоанну Руфу принадлежит три агиографических произведения. В Житии Петра Ивера Иоанн Руф представил аскета и церковного деятеля, существенно изменив его взгляды в сторону антихалкидонитства (с этой точкой зрения не согласна К. Хорн, которая доказывает радикально монофизитский характер взглядов Петра Ивера). Сирийский текст Жития интересен исследователям с точки зрения переводческой техники, весьма высокой и даже образцовой для сирийской традиции. Несохранившийся греческий оригинал, как полагают исследователи, использовал церковный историк Евагрий Схоластик (конец VI в.). Сочинение «О кончине Феодосия Иерусалимского» – небольшой агиографический текст, посвящённый Феодосию, который был провозглашён патриархом во время антихалкидонитского восстания монахов в Палестине (конец 451 – 453 гг.). В произведении уделяется большое внимание видениям Феодосия, его «исповедничеству» и кончине. В конце повести находится (обычно не отделяется от неё) небольшое Житие монаха Романа, основателя антихалкидонитского монастыря в Элевтерополе. Богословие Иоанна Руфа, выраженное в его произведениях, особенно в «Плирофориях», имеет отчётливый антихалкидонитский характер. Однако он был писателем эпохи «Энотикона», и его радикальное отрицание халкидонитского вероисповедания формулировалось как особое истолкование «Энотикона» в духе Петра Гнафевса и Александрийского патриарха Петра III Монга. По мнению исследователей, он принимал «христологическое Трисвятое» (так называемую монофизитскую прибавку) как символ такой антихалкидонитской позиции.