Исследователи отмечают, что в большинстве духовных песнопений М.М. Ипполитова-Иванова проявляется стиль московской синодальной школы церковного пения: опора на интонации древнерусских распевов (хотя и без цитирования), хоровые унисоны («Блажен муж»), использование солиста в роли канонарха, мелодии которого затем подхватывает хор (например, в кондаке апостолу Матфию). По мнению исследователей, в свободном, ариозном стиле некоторых песнопений («Трисвятое», прокимен «Не отврати лица Твоего» и др.) заметно влияние музыки Петра Ильича Чайковского. Исследователи отмечают, что хоровая фактура в сочинениях М.М. Ипполитова-Иванова плотная, насыщенная, нередко используется divisi (особенно двух сопрано, дублируемые двумя тенорами); преобладающий аккордовый склад иногда оттеняется краткими имитационными эпизодами (лишь в «Достойно есть» имитации становятся основным средством изложения). Библейская тематика нашла воплощение в опере М.М. Ипполитова-Иванова «Руфь» (библейские картины по Алексею Константиновичу Толстому, 1887 г.), в циклах для пения в сопровождении фортепиано «Три библейских стихотворения» (на слова К.Р. (великого князя Константина Константиновича): «Псалмопевец Давид», «Царь Саул», «Легенда о Мертвом море») и «Семь псалмов царя Давида» для пения с аккомпанементом фортепиано или арфы (тексты – свободное переложение Пс. 45, 61, 63, 86, 99, 125, 147, автор не указан). М.М. Ипполитову-Иванову также принадлежит «Сказание о святом Серафиме» (из цикла «15 детских хоров для 1, 2 и 3 голосов», три последних хора a cappella, текст заимствован из «Родного слова» Константина Дмитриевича Ушинского; вариант для смешанного хора: «Легенда о святом Серафиме» (М., около 1900 г.) и музыкальное произведение на собственный текст «Печальник земли (Сергий Радонежский): Картины русской жизни» (издание: Петроград: Тип. товарищества А.С. Суворина «Новое время», 1915 г.).