С 1893 г. – профессор, в 1905–1918 гг. – директор, в 1919–1922 гг. – ректор Московской консерватории; преподавал гармонию, инструментовку, композицию, вёл оперный класс. По приглашению Степана Васильевича Смоленского преподавал в Синодальном училище (1894–1896 гг.), был членом Наблюдательного совета при Синодальном училище (1916–1917 гг.). В числе учеников М.М. Ипполитова-Иванова – известные музыканты Дмитрий Игнатьевич Аракишвили, Андрей Мелитонович Баланчивадзе, Сергей Никифорович Василенко, Рейнгольд Морицевич Глиэр, Александр Борисович Гольденвейзер, Захарий Петрович Палиашвили, Юрий Сергеевич Сахновский и др. В 1924–1925 гг. – ректор и профессор по классу композиции Грузинской консерватории. Имя М.М. Ипполитова-Иванова в 1924 г. было присвоено музыкальному училищу, в 1996 г. – образованному на его основе Музыкально-педагогическому институту в Москве, а также музыкальным школам в Ростове-на-Дону и Гатчине. В своих музыкальных произведениях М.М. Ипполитов-Иванов опирался на традиции русской классики, его творчество, по мнению исследователей, отличается жанровым многообразием: он – автор шести опер, двух симфоний, увертюры «Яр-Хмель», шести оркестровых сюит (в том числе «Кавказских эскизов»), симфонической поэмы «Мцыри» и других сочинений для оркестра, ряда кантат (в том числе «Коронационной приветственной кантаты» для детского хора на слова Василия Буслаева), музыки к исторической пьесе Василия Михайловича Гончарова «Ермак Тимофеевич» для голоса, хора и оркестра, камерной музыки, свыше 60 произведений для вокальных ансамблей и хоров, свыше сотни сочинений для голоса и фортепиано. К духовной музыке М.М. Ипполитов-Иванов обратился в конце 1890 гг. под влиянием С.В. Смоленского. Тяготея к циклическим формам, создал «Литургию св. Иоанна Златоуста» (18 номеров, в том числе причастный стих «Утвердися сердце моё во мне» на текст 1 Цар. 2:1–10) и «Избранные молитвословия из всенощного бдения» (12 номеров, 1904 г.; главным образом, неизменяемые песнопения, за исключением «Господи, воззвах» и степенн, которые также являются авторскими сочинениями), а также жанровые циклы «Два запричастных стиха» и «Пять херувимских песней». «Юбилейный сборник. 1612–1613–1812» (1912 г.), посвящённый столетию Отечественной войны 1812 г. и 300-летию царствования дома Романовых, – последний цикл произведений М.М. Ипполитова-Иванова в области духовной музыки; в нём он обращается к разным пластам древнерусской культуры: Тропарь на празднование в честь явления иконы Богородицы во граде Казани; Духовный стих о патриархе Гермогене на собственные слова; Тропарь из службы преподобному Дионисию Радонежскому (согласно ремарке автора, текст тропаря, составленный в XVII в. Симоном (Азарьиным), взят из рукописи Московской Синодальной библиотеки, мелодия третьего гласа заимствована из древних песнопений), а также создаёт музыкально-исторические композиции («Величание князю Пожарскому, гражданину Минину и сподвижникам их» на слова Н.С.; «О воцарении Дома Романовых» на слова «в духе народных сказаний» В. Буслаева; «Гимн-марш “1812 год”» на слова Е. Федотовой).