Подробное опровержение взглядов Иосифа в связи с конфликтом по делу Новгородского архиепископа Серапиона содержится в «Ответе неизвестного» на послание Иосифа И.И. Третьякову. Помимо главной темы (доказательства правоты Серапиона и неправоты волоцкого игумена) там присутствует также осуждение монастырского землевладения и позиции Иосифа в отношении наказания еретиков. По предположению А.А. Зимина, автором «Ответа неизвестного» мог быть Вассиан (Патрикеев). В середине XVI в. против точки зрения Иосифа, касавшейся казни еретиков, выступил игумен Троице-Сергиева монастыря Артемий. Он критиковал «Книгу на новгородских еретиков», осуждал казни еретиков, отрицал действенность поминальных служб по закоренелым грешникам и другие установления, важные для иосифлян. Жёсткая позиция Иосифа в этом вопросе не была реализована иосифлянами, которые активно участвовали в судах над еретиками и своими противниками в середине XVI в. В 1553 г. по поручению царя и митрополита Макария розыск о ереси Матвея Башкина и др. проводили старцы Волоколамского монастыря Герасим (Ленков) и Филофей (Полев); Матвей Башкин был осуждён на заточение в Волоколамском монастыре. В процессе суда в причастности к ереси М. Башкина был обвинён Артемий, который в январе 1554 г. был осуждён и сослан в Соловецкий в честь Преображения Господня монастырь. До 1557 г. в ходе нескольких судебных процессов осуждению подверглись близкие к Артемию Иоасаф (Белобаев), Феодорит Кольский, чернец Иона, священник Аникей Киянский из Кириллова Новоезерского монастыря, а также изобличённый в еретичестве Феодосий Косой. Оставил свою кафедру близкий к нестяжателям Рязанский епископ Кассиан, «похуливший» на Соборе «Книгу на новгородских еретиков», в защиту которой выступили царь и митрополит. Учение о Божественной природе царской власти, по мнению многих историков, занимало центральное место во взглядах иосифлян. Однако знакомство с теорией и практикой иосифлян позволяет исследователям прийти к выводу, что их представление о царской власти соответствовало византийскому учению о симфонии властей и разделялось представителями различных направлений общественной мысли в России. Иосифляне наряду с противником Иосифа митрополитом Зосимой («Изложение пасхалии», 1492 г.) и не принадлежавшим к иосифлянам псковским монахом Филофеем (послания великому князю Василию III) последовательно осуществляли перенос представления о византийском императоре как о главе всего христианского мира на Московского великого князя (затем царя). Из посланий Иосифа Волоцкого и деятельности его последователей исследователям видно, что в то время считалась нормой византийская, отличная от древнерусской, практика, когда правитель созывал церковные Соборы, председательствовал на них, своими указаниями организовывал их работу.